- le MBR
- le secteur de boot
La manip que tu décris restaure le MBR (donc absolument pas le secteur de boot d'une partition) il est donc normal que tu retrouves Lilo quand tu bootes sur ta partition Windows.
Pour info, si tu veux retrouver ta partition Windows c'est "fixboot" qu'il faut exécuter (ça va restaurer le secteur de boot de ta partition Windows)
Bref.
Si tu veux installer Lilo, fais-le sur le secteur de boot de ta partition Linux et utilise fdisk pour indiquer la partition sur laquelle tu souhaites booter (celle qui contient Lilo, donc la partition Linux)

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