[Obsolète] [INFO] Folding@home

[Cobra]

La PlayStation 3 de Sony

 

Folding@home a une installation native sur la console de Sony mais une mise à jour peut s'avérer nécessaire.

Votre connexion internet doit être activée.

 

1 - Mettez à jour le firmware si la machine est neuve (mise à jour système) !

De toute façon, le programme vous le demande à l'allumage et vous suivez les instructions pas à pas.

 

2 - Sélectionnez "Réseau", et Life With Playstation doit s'afficher !

Si votre version folding est trop ancienne, c'est Folding@Home qui s'affichera et en le sélectionnant, une mise à jour sera proposée.

Vous suivez les instructions pas à pas, jusqu'à pouvoir obtenir cet écran en sélectionnant "Réseau", comme dit précédemment !

 

 

3 - Pressez sur le bouton "X" de la manette !

 

 

C'est l'écran du Live Channel qui vous permet de naviguer de ville en ville et de suivre l'actualité en live.

 

Mais ce dont vous ne vous doutez pas, c'est que folding est lancé en même temp et travaille en arrière plan.

 

Pour les Donateurs qui ont déjà paramétré avec pseudo, équipe, etc... les paramètres sont bien là, également en arrière-plan.

Pour les nouveaux venus, il faut passer à une autre étape.

 

3 - Appuyez sur le bouton carré de la manette et Folding@Home apparaîtra ! Sans relâcher le bouton carré, sélectionnez Folding@Home avec flèche bas, puis relâchez le bouton carré !

 

 

Vous êtes sur le Canal Folding@Home et vous pouvez voir l'avancement des calculs ainsi que les informations sur la protéine traitée.

Si vous êtes nouveau venu, votre pseudo de Donateur est par défaut en anonyme.

 

4 - Pour une configuration personnalisée, appuyez sur le bouton "Triangle" de la manette !

 

 

5 - Sélectionnez "Canal actuel" et acceptez avec le bouton "X" de la manette !

 

 

Voici ce que vous devez savoir de plus utile pour vos réglages et votre information :

 

- Dans "Paramètres", vous pouvez choisir entre le "Mode normal" (unité de travail d'environ 8 h de traitement) et le "Mode avancé" (temps de traitement plus long et gain plus important)

 

- Dans "Informations", vous pouvez voir les statistiques générales ou les vôtres personnellement.

 

- Dans "Supports visuels", vous avez le choix entre plusieurs supports mais le plus simple est le mieux afin de laisser plus de puissance à la simulation.

 

- Dans "Identité", vous entrez votre pseudo et votre équipe (51) - Pour un membre de Zebulon, il faut entrer [Zebulon.fr]_votrepseudo

 

Quand vous avez terminé, vous pressez sur le bouton "Précédent" de la manette pour revenir au précédent menu.

 

6 - Sélectionnez "Configuration" et acceptez avec le bouton "X" de la manette !

 

 

- "Economiseur d'écran" : sélectionnez et acceptez pour cocher !

 

- "Effets sonores" : si vous voulez entendre un son lorsque vous passez d'une rubrique à l'autre, sélectionnez et acceptez pour cocher !

 

- "Démarrage automatique" : vous avez le choix entre démarrer votre PS3 directement sur l'écran Folding@Home ou le bureau.

 

Quand vous avez terminé, vous pressez sur le bouton "Précédent" de la manette pour revenir au précédent menu.

 

7 - Sélectionnez "Musique" et acceptez avec le bouton "X" de la manette !

 

Ici, vous pouvez activer la musique lorsque ça calcule et choisir les pistes ou bien désactiver la musique (ça prendra moins de ressource et de toutes façons, lorsque la PS3 plie, vous éteignez votre écran télé pour économie d'énergie ).

 

Vous avez terminé et vous pouvez revenir à votre bel écran où vous voyez l'avancement de vos calculs...

 

Petites informations complémentaires

 

- Pour revenir au "Channel Live" et visiter les villes, appuyez sur le bouton carré de la manette et Live Channel apparaîtra ! Sans relâcher le bouton carré, sélectionnez Live Channel avec flèche bas, puis relâchez le bouton carré !

 

- Pour arrêter le repliement, afin de vous adonner à vos jeux préférés ou regarder un film ou pour toute autre application, pressez le bouton P de la manette et acceptez !

Vous revenez ainsi au bureau de la PS3.

 

Il est à noter que "Life With Playstation", intégrant Folding@Home en arrière-plan, est une application à part entière. On ne peut rien faire d'autre.

[Cobra]

LES PARAMETRES : signification - placement - conditions d'utilisation

 

En Français, on désigne par "paramètre", ce que Stanford nomme "argument" ou "flag", "switch" ou encore, et c'est plus compréhensible pour nous, "parameter". C'est une mention que l'on inscrit, entre autres, dans la cible d'un raccourci, ou bien dans la fenêtre de configuration, sur la ligne "Additional client parameters". Cette mention permet d'accéder à des options de configuration dont nous verrons, ci-après, la signification précise.

 

Notons que ces "paramètres" viennent en complément des "options" de configuration déjà décrites dans les différents tutoriels.

 

On lit encore parfois qu'un client peut parfaitement fonctionner sans que nous ayions rien à savoir des paramètres. Pourtant, lors de la première configuration d'un client version 6 en mode console, il est fortement recommandé d'utiliser le paramètre -configonly. Cela est aussi valable lorsqu'on a l'intention d'inscrire des paramètres sur la ligne de configuration "Additional client parameters". La modification d'un élément de la configuration peut nécessiter -config. Vous voulez terminer proprement le traitement d'une unité de travail (wu) et ne plus en télécharger une autre, vous mettez -pause ou -oneunit. Et que dire du paramètre -smp obligatoire et permanent pour accéder au client haute performance SMP... et il y en a encore beaucoup d'autres à bien connaître.

 

Stanford nous permet d'obtenir la liste de tous les paramètres et leur signification sommaire. Pour un client en mode console (non configuré en tant que service), nous inscrivons la mention -help (c'est un paramètre) dans la cible de son raccourci :

 

 

En relançant le client, nous obtenons l'écran suivant :

 

 

Tiens, il manque le paramètre -gpu x ! L'inscription de la mention -help dans la cible du raccourci du client GPU donne la liste incluant ce paramètre :

 

 

Par contre le paramètre -forceasm a disparu, normal il concerne seulement les optimisations CPU. Ce qui ne signifie pas pour autant que chaque client affiche parfaitement les seuls paramètres qui lui sont propres, puisque dans cette liste, issue du client GPU, il y a le paramètre -smp propre au client SMP (incohérence ou préparation vers un client vraiment unique ?). Par ailleurs, on peut remarquer le paramètre obsolète -deino devenu incompatible avec le SMP2 6.30.

 

Notons immédiatement que ces paramètres ne se mettent pas n'importe où et ne doivent pas être utilisés à la légère, sinon on va vers de gros déboires.

 

- Pour un client en mode console (non configuré en tant que service), tous les paramètres supportés par le client concerné peuvent être mis dans la cible du raccourci mais nous verrons qu'il est plus judicieux de n'utiliser ici que les paramètres ponctuels (par exemple -config, -pause, etc...).

Les paramètres permanents, lorsque c'est souhaité, devront être inscrits dans la fenêtre de configuration, sur la ligne "Additional client parameters". Cependant, l'inverse n'est pas vrai car seuls les paramètres permanents devront être mis sur la ligne "Additional client parameters" et cela quel que soient le client et le mode.

 

- Pour un client en mode "System tray" (graphique), il n'y a rien de plus simple, puisque l'icône figurant dans la barre des tâches permet d'accéder, grâce au clic droit, directement à l'option "Configure". L'onglet "Advanced" permet d'accéder à la ligne "Additional client parameters" pour les paramètres permanents. Mais il ne faut surtout pas mettre un paramètre, même s'il s'agit d'un paramètre ponctuel, dans la cible de son raccourci (si on en a créé un pour éviter le lancement automatique), car on risque une erreur fatale. C'est l'interface (clic droit sur l'icône) qui fait fonction de paramètres ponctuels.

 

- En ce qui concerne une version console configurée en tant que service, il faut être un utilisateur averti pour affecter un paramètre et même pour arrêter proprement le client, un petit tuto en fin de page fournit les explications nécessaires.

 

LISTE DES PARAMETRES PONCTUELS

 

-configonly : c'est le premier paramètre à connaître car obligatoire pour démarrer proprement un client en mode console, à compter de la version 6. Il permet de configurer le client et d'accéder aux options avancées nécessitant une relance de la console. A la fin de la configuration, la fenêtre se ferme automatiquement.

 

-config : c'est un paramètre que nous allons utiliser pour accéder à une reconfiguration du client (changement ou correction du pseudo, de la team...) sans que nous ayons besoin de modifier les éléments de la ligne "Additional client parameters", nécessitant une relance de la console.

 

-help : permet d'afficher la liste des paramètres.

 

-queueinfo : affiche la file d'attente (queue) des 9 positions et leur état (Empty : vide - Ready : l'unité en cours de traitement - Finished : unité terminée en attente d'envoi sur les serveurs de Stanford).

 

-send X : X étant le numéro dans la queue, permet de forcer l'envoi immédiat de l'unité terminée. Après trois essais, même infructueux, la fenêtre se ferme automatiquement, sans reprendre le traitement d'une unité éventuellement en cours. Pour vérifier que l'unité a bien été envoyée, il y a lieu de lire le fahlog.

 

-send all : force l'envoi de toutes les unités terminées. Après trois essais, même infructueux, la fenêtre se ferme automatiquement, sans reprendre le traitement d'une unité éventuellement en cours. Pour vérifier que l'unité a bien été envoyée, il y a lieu de lire le fahlog.

 

-delete X : supprime l'unité concernée dans la position de la queue. Il est préférable et plus efficace, en cas d'un gros problème, de supprimer les fichiers "work" et "queue" qui se trouvent dans le répertoire du client concerné.

 

-pause : dès que le traitement de l'unité de travail est terminée, le programme tente d'envoyer les résultats pendant trois fois et aucune autre unité n'est téléchargée. On peut alors fermer la console par Ctrl-C.

 

-oneunit : identique au paramètre -pause mais la fermeture de la console est automatique. Le gros désavantage est qu'on ne peut pas voir si le programme a bien réussi à envoyer les résultats, sauf à le vérifier dans le fahlog présent dans le répertoire du client concerné.

 

LISTE DES PARAMETRES PERMANENTS

 

-smp : paramètre obligatoire pour fonctionner en mode SMP Windows et Linux, sinon le client fonctionnera comme un client classique avec des unités de travail classiques.

Client SMP Windows : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

Client SMP Linux 6.02 : à mettre dans le terminal : ./fah6 -smp -bigadv

Client SMP Linux 6.24 : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

 

-smp -bigadv : ces deux paramètres fonctionnent ensemble et permettent de transformer le client SMP standard en client spécial SMP BigAdv, spécifique aux machines avec un minimum de 8 cores physiques (ou logiques)

Client SMP Windows : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

Client SMP Linux 6.02 : à mettre dans le terminal : ./fah6 -smp

Client SMP Linux 6.24 : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

 

-gpu X : ce paramètre concerne l'utilisation d'une ou plusieurs cartes graphiques pour plier. Si vous avez une seule carte graphique dans votre ordinateur et que vous vous en servez pour plier, il n'est pas nécessaire d'utiliser ce paramètre. Si vous avez deux cartes et que vous n'en utilisez qu'une seule pour plier, vous devez lui affecter un numéro. Et si vous pliez avec plusieurs cartes, il sera également obligatoire de leur affecter un numéro à chacune d'elles.

Les numéros commencent par 0, c'est-à-dire que la première carte aura le paramètre -gpu 0 et la deuxième le paramètre -gpu 1, etc...

Client GPU Windows : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

 

-forcegpu ati_r600 : permet de forcer le programme FAH à "reconnaître" la puce graphique des cartes vidéo ATI 3xxx series

Sous Windows : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

 

-forcegpu ati_r700 : permet de forcer le programme FAH à "reconnaître" la puce graphique des cartes vidéo ATI 4xxx series

Sous Windows : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

 

-forcegpu ati_r800 : permet de forcer le programme FAH à "reconnaître" la puce graphique des cartes vidéo ATI 5xxx series

Sous Windows : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

 

-forcegpu nvidia_g80 : permet de forcer le programme FAH à "reconnaître" la puce graphique des cartes vidéo nVidia 8x, 9x, 2xx series

Sous Windows : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

 

-forcegpu nvidia_fermi : permet de forcer le programme FAH à "reconnaître" la puce graphique des cartes vidéo nVidia GTX 4xx series

Sous Windows : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

 

-verbosity X : permet de régler le niveau des informations qui seront présentées à l'écran ou mentionées dans le fahlog. Par défaut, le niveau est 3 mais vous pourvez le porter à son maximum qui est 9, afin d'avoir toutes les informations disponibles, en vue d'une meilleure compréhension lorsqu'un problème survient.

Client classique Windows 5.04 : à mettre dans la cible du raccourci pour un mode console (non configuré en tant que service)

Client Linux 6.02 : à mettre dans le terminal : ./fah6 -verbosity 9 (pour mode uniprocesseur) ou ./fah6 -smp -verbosity 9 (pour mode SMP)

Tous les autres clients Windows et Linux : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

 

-advmethods : permet d'avoir des unités expérimentales, afin d'aider Stanford dans la mise au point de certains projets. Les unités brutes obtenues ou le nouveau fahcore en test peuvent être instables, c'est pourquoi les unités sont en principe mieux rétribuées.

Pour les clients "console", à partir de la version 5.04 et a fortiori tous les clients version 6, une ligne particulière de la fenêtre de configuration invite à accepter ou refuser cette option. Il n'est donc plus nécessaire d'inscrire ce paramètre nulle part ailleurs (cible du raccourci, par exemple).

Pour les clients System tray (graphique), l'onglet "Advanced" permet d'entrer manuellement -advmethods sur la ligne "Additional client parameters".

 

-local : utile, afin d'éviter les sources de conflits, lorsqu'on a installé plusieurs clients sur le même ordinateur. Ce paramètre est vital jusqu'aux clients de la version 5 (dont 5.04) mais devenu obsolète pour les dernières révisions de la version 6.

Client classique Windows 5.04 : à mettre dans la cible du raccourci pour le mode console (non configuré en tant que service)

Tous les clients V6 : aucune utilité

 

-forceasm : force le client à utiliser toutes les optimisations du processeur, tels SSE ou 3DNow, si disponibles. Par défaut, le client utilise toutes les optimisations disponibles par le processeur, prévues dans son programme. Cependant, en cas d'instabilité constatée et un arrêt précoce du traitement de l'unité, le programme peut relancer le traitement sans les optimisations. Le contributeur qui est absolument certain que son ordinateur est parfaitement stable mais que ce sont les unités brutes qui sont corrompues peut utiliser le paramètre -forceasm.

Client classique Windows 5.04 : à mettre dans la cible du raccourci pour le mode console (non configuré en tant que service)

Tous les clients V6 : à mettre dans la fenêtre de configuration sur la ligne "Additional client parameters"

Client GPU : aucune utilité

 

VERSION CONSOLE CONFIGUREE EN TANT QUE SERVICE SOUS WINDOWS

 

Vous pouvez avoir besoin d'arrêter le client, pour une raison quelconque, ou pour lancer une exécution ponctuelle ou pour le reconfigurer. Jusqu'à un certain stade, la procédure est identique et ne présente aucun risque. Nous traiterons ici des clients version console configurée en tant que service à partir de la version 6, ne nécessitant alors plus l'ouverture de la base de registre, procédure dont le risque est grand de mettre en danger l'intégrité du système si utilisateur non initié.

 

Plusieurs méthodes peuvent être utilisées. En voici l'une d'elles :

 

1 - Sous XP, cliquez sur Démarrer/Exécuter et tapez "services.msc", puis cliquez sur OK

Sous Vista, pressez simultanément sur le logo Windows du clavier et la touche "r", puis tapez "services.msc", puis cliquez sur OK.

 

 

2 - Dans la fenêtre qui s'ouvre, recherchez et sélectionnez votre service FAH concerné et pressez sur "Arrêter le service" situé dans la colonne de gauche. Le service (et donc le client) est momentanément arrêté.

 

Si vous souhaitez faire exécuter à votre client une opération ponctuelle (-pause par exemple), le reconfigurer (pseudo, team, etc?), ou bien désactiver définitivement le mode service :

 

3 - Toujours dans la fenêtre des services, faites un clic droit sur votre service FAH concerné et sélectionnez "Propriétés"

 

4 - Dans "Type de démarrage", sélectionnez "Désactivé"

 

Votre client est maintenant en mode console simple.

 

5 - Créez un raccourci de l'exécutable et placez-le à portée de main, en vue de manipulation future toujours possible

 

6 - Inscrivez le paramètre ponctuel souhaité dans la cible du raccourci ou bien -configonly dans le but de procéder à une reconfiguration du client.

 

Vous pouvez alors relancer votre client en double-cliquant sur le raccourci. Dans le cas d'une reconfiguration, la fenêtre de configuration s'ouvre et vous pouvez y apporter vos modifications (pseudo, team, etc...) et vos paramètres permanents sur la ligne "Additional client parameters".

 

Si vous avez choisi de basculer définitivement le client en version console simple (non configurée en tant que service), en mettant "no" à l'invite adéquate, vous avez terminé la procédure.

Si vous avez choisi de conserver le mode service (vous avez gardé "yes" à l'invite adéquate), vous devez exécuter la procédure inverse, c'est-à-dire réactiver le service et le redémarrer.

 

7 - Dans la fenêtre des services, sélectionnez à nouveau le service FAH concerné et cliquez sur "Démarrer le service", puis clic droit sur le service, sélection de "Propriétés" et dans "Type de démarrage" sélection de "Automatique". Vous pouvez fermer la fenêtre des services. La procédure est terminée.

Modifié le 22 octobre 2010 par Cobra

[Cobra]

Guide d'installation de la Carte de bouclage Microsoft

 

L'installation de la Carte de bouclage Microsoft intéresse ceux qui ont plusieurs ordinateurs en réseau sous XP et qui connaissent des "déconnexions réseau" causant l'arrêt du calcul du client SMP. Cette carte de réseau virtuel simule la permanence d'un réseau toujours actif afin de tromper le client SMP qui n'arrêtera donc pas le traitement de la WU en cours.

 

1 - Faites Démarrer/Panneau de configuration/Ajout de matériel ! - La fenêtre de l'Assistant s'ouvre :

 

 

2 - Cliquez sur "Suivant" pour lancer la détection automatique de nouveaux matériels !

 

 

3 - L'Assistant n'a rien trouvé et demande si le matériel est connecté. Cliquez sur le radio bouton "Oui" puis sur "Suivant" !

 

 

4 - Sélectionnez "Ajouter un nouveau périphérique matériel" en dernière position de la liste déroulante et cliquez sur "Suivant" !

 

 

5 - Cliquez sur le radio bouton "Installer le matériel que je sélectionne manuellement..." et cliquez sur "Suivant" !

 

 

6- Sélectionnez "Afficher tous les périphériques" ou plus simplement "Cartes réseau" et cliquez sur "Suivant" !

 

 

7 - Dans la liste "Fabricant", sélectionnez "Microsoft" et dans la liste "Modèle", sélectionnez "Carte de bouclage Microsoft". Puis cliquez sur "Suivant" !

 

 

8 - L'Assistant est prêt à installer le matériel sélectionné, cliquez sur "Suivant" !

 

 

9 - Le matériel est installé, cliquez sur 'Terminer" !

 

S'il vous est demandé de redémarrer, faites-le ! Autrement, le matériel ne sera vraiment installé que lorsque, dans la barre d'état, l'icône de connectivité de la carte de bouclage ne clignotera plus et vous verrez l'affichette suivante :

 

 

Maintenant, vous allez paramétrer la Carte de bouclage Microsoft, en lui donnant une adresse IP fixe différente de celle que vous utilisez habituellement.

 

10 - Faites Démarrer/Panneau de configuration/Connexions réseau

 

11 - Faites clic droit sur la Carte de bouclage Microsoft où il est mentionné que la connectivité est limitée ou inexistante et sélectionnez "Propriétés"

 

 

12 - Double-cliquez sur l'option "Protocole Internet (TCP/IP) !

 

 

13 - Cliquez sur le radio bouton "Utiliser l'adresse IP suivante" et entrez une adresse différente de votre adresse IP habituelle !

 

14 - Cliquez dans la zone de saisie "Masque de sous-réseau" ! Une adresse automatique est donnée, vous pouvez laissez ainsi et cliquez sur "OK" !

 

 

15 - Vous pouvez cocher la case "Affichez l'icône...", si vous le souhaitez et cliquez sur "Fermer"

 

Vous procédez de la même façon pour tous vous ordinateurs en réseau, en changeant seulement les trois derniers chiffres de l'adresse IP de votre réseau virtuel.

 

Votre réseau virtuel est maintenant fonctionnel et le traitement de vos clients SMP ne gèlera plus.

Modifié le 21 mai 2009 par Cobra

[Cobra]

Tutoriel pour l'installation de Qfix sous Windows :

 

1 - Téléchargez Qfix http://linuxminded.xs4all.nl/?target=softw...-tools.plc#qfix

 

Pour SMP Windows (compatible client V6), vous devez choisir celui-ci : Windows/x86 : qfix.exe (10.00 KB)

 

2 - Mettez Qfix dans le dossier folding SMP

 

3 - Arrêtez le client SMP par Ctrl+c

 

4 - Mettez le paramètre -send all dans la cible du raccourci du client SMP

 

5 - Créez un raccourci de Qfix et double-cliquez dessus pour le lancer. C'est très rapidement visible et c'est normal.

 

6 - Relancez le client SMP : on doit voir la fenêtre s'ouvrir et les mentions habituelles "Attempting to send results" et "Thank you..." mais ça ne durera qu'une dizaine de secondes, avant que la fenêtre se ferme.

 

7 - Retirez le paramètre -send all de la cible du raccourci et relancez la console SMP

 

Et normalement, Stanford nous crédite d'un peu de points et ne réaffecte pas la WU renvoyée.

 

Remarque importante :

 

Si je m'aperçois qu'une WU SMP a beugué, l'expérience me dit de ne pas attendre qu'elle beugue une seconde fois au même endroit, puis une troisième avant que le programme accepte la WU comme foireuse et télécharge un nouvel exé et une nouvelle WU.

 

Il y a deux possibilités :

 

1 - Le client a enchaîné sur une autre WU. Arrêtez le client et utilisez qfix. Puis relancez normalement le client en cours, comme expliqué dans le tuto.

 

2 - Le client a redémarré sur la même WU. Arrêtez le client et utilisez qfix. Puis supprimer les fichiers work et queue. Et relancez le client qui téléchargera une autre WU.

[Cobra]

Participez à Folding@home

Le projet Folding@home

Folding@home est un projet scientifique de calcul distribué à caractère biomédical dont le but est d'étudier le processus de repliement des protéines en vue d'établir leur conformation finale.

 

Pourquoi le "folding" (processus de repliement) est-il si important ?

« En tant qu'éléments structurels, les protéines sont le composant principal de nos os, de nos muscles, de nos cheveux, de notre peau et de nos vaisseaux sanguins. En tant qu'anticorps, elles reconnaissent les éléments intrus et permettent au système immunitaire de se débarrasser des indésirables. » (Source : Folding@home, Université Stanford en Californie, USA).

Un dysfonctionnement dans leur repliement amène à ce qui n'a pas lieu d'être, c'est-à-dire à des anomalies, causes essentielles des maladies dramatiques que sont les maladies du cancer, d'Alzheimer, de Creutzfeldt-Jakob, de Parkinson... Et nous savons que ces maladies touchent de plus en plus de personnes. Il est donc devenu vital de résoudre rapidement le mystère du repliement des protéines, grâce à une cartographie extrêmement précise.

 

Vous voulez en savoir plus sur le rôle capital que jouent les protéines dans nos organismes, l'objectif et les enjeux du projet Folding@home ?

Visitez le site officiel, ainsi que celui de l'Alliance Francophone dont notre équipe fait partie.

De par sa vocation universelle, humanitaire et altruiste (les résultats bruts des simulations sont mis gratuitement à disposition des chercheurs), le projet Folding@home connaît un immense succès. À un tel point que l'extraordinaire réussite de son portage sur la Playstation 3 de Sony l'a fait entrer dans le livre Guiness des records, en tant que réseau de calcul distribué le plus puissant de la planète.

 

Nous y sommes... "Distributed computing" (calcul distribué) : kézako ?

Cela consiste tout simplement au découpage d'un calcul extrêmement complexe et long en des milliers d'unités et de sous-unités plus petites, dont le traitement est confié à une multitude d'ordinateurs. Et là où cette technologie excelle, c'est qu'elle puise uniquement la puissance de calcul inutilisée des ordinateurs. L'utilisateur aura toujours la main car le logiciel client installé sur sa machine travaille en priorité basse. Et c'est ainsi que, dans ses travaux de tous les jours ou même avec des applications très gourmandes sur les machines plus modernes, il ne se rendra pratiquement pas compte du calcul effectué en arrière-plan, tout simplement parce que le traitement se mettra de façon dynamique au diapason des ressources restantes de l'ordinateur.

 

Folding@home utilise donc la puissance disponible des ordinateurs sur lesquels ses logiciels clients ont été installés. Il prendra 100 % des ressources pendant que l'utilisateur ne se sert pas de son ordinateur, et, cas extrême, pratiquement 0 % si l'ordinateur est énormément sollicité.

 

 

L'équipe Zebulon.fr

Afin d'attirer et de fidéliser les participants, le staff de Folding@home a mis en place un système de rétribution : chaque unité de travail rendue rapporte un certain nombre de points au contributeur. Et pour susciter et entretenir l'esprit de compétition, un classement est établi. Le classement est individuel mais il est également tenu à jour par équipes, elles-mêmes pouvant regrouper plusieurs mini-équipes.

 

Notre site informatique Zebulon.fr a sa propre mini-équipe. Tous ses membres se reconnaissent à leur pseudo commençant par [Zebulon.fr]_ et à sa bannière ou ses diverses déclinaisons qu'ils peuvent arborer s'ils le souhaitent (voir ici) :

 

 

Notre mini-équipe fait partie de l'équipe 51 qui est celle de l'Alliance Francophone. Il est important de respecter les règles suivantes lors de la configuration du logiciel client que nous découvrirons plus loin :

Pseudo : [Zebulon.fr]_pseudo

Numéro d'équipe : 51

 

Cependant, si suivre l'évolution de son classement est motivant en soi, le but premier du contributeur est d'apporter son aide aux chercheurs soucieux de faire avancer la recherche médicale. C'est pourquoi toute contribution est utile, même la plus petite. Comme on dit : « les petits ruisseaux font les grandes rivières ».

 

N'hésitez pas à rejoindre notre discussion sur le topic unique !

 

 

Recommandations concernant le choix et l'installation du client Folding@home

Vous avez décidé d'apporter votre pierre à ce noble édifice qu'est le projet Folding@home et vous vous demandez par où commencer ?

C'est très simple, il suffit de télécharger et d'installer sur votre ordinateur un logiciel client fourni par Folding@home. Une fois configuré, ce logiciel récupèrera automatiquement, via Internet, sur les serveurs de l'Université Stanford, une unité de travail brute. Votre ordinateur la traitera puis, une fois le calcul achevé, la rendra aux serveurs, déclenchant le téléchargement d'une nouvelle unité à traiter. Etc...

 

Les clients Folding@home ne sont disponibles que sur les pages "Download" du site officiel, qui fournissent les clients classés par système d'exploitation et type de machine.

 

Quel client choisir ?

Cela dépend donc de la machine sur laquelle vous allez plier et de son système d'exploitation, et voici le complément d'information nécessaire pour bien choisir votre client et bien débuter.

Clients pour CPU

- processeur mono-core sous Windows 32/64 bits NT/2000 : client 5.04 text-only console

- processeur mono-core sous Windows 32/64 bits XP/2003/Vista : client 6.23 console client only

- processeur multi-core sous Windows 32/64 bits XP/2003/2008/Vista/7 : client SMP2 6.30

- processeur mono-core sous Linux 32 bits : client 6.02 Linux

- processeur mono-core ou multi-core sous Linux 64 bits : client 6.29 beta Linux

Clients pour GPU

Cartes graphiques ATI des séries 2xxx, 3xxx, 4xxx et cartes graphiques NVidia à partir de la série 8

- carte graphique sous Windows XP/2003 : client 6.23 Windows XP/2003 GPU console

- carte graphique sous Windows Vista : client 6.23 Windows Vista GPU console

Client pour la PlayStation 3 de Sony

- PS3 : client PS3 natif

 

 

Tutoriels et articles

Tutos pour clients CPU classiques Windows

- tuto pour le client 5.04 text-only console pour CPU sous Windows NT/2000/XP/Vista (lancement d'une ou deux consoles)

- tuto pour le client 6.23 console client only pour CPU sous Windows XP/2003/Vista

- tuto pour le client 6.23 System tray pour CPU sous Windows XP/2003/Vista

Tuto pour client CPU SMP Windows

- tuto pour le client SMP2 6.30 pour CPU sous Windows 32/64 bits XP/2003/2008/Vista/7

Tutos pour clients GPU Windows

- tuto pour le client 6.23 GPU console (cartes graphiques ATI et NVidia) pour GPU sous Windows XP/2003/Vista

- tuto pour le client 6.23 GPU System tray (installer msi - cartes graphiques ATI et NVidia) pour GPU sous Windows XP/2003/Vista

Tutos pour clients CPU Linux

- tuto pour le client 6.02 Linux (unifié : uniprocesseur et SMP) pour CPU sous Linux 32/64 bits

- tuto pour le client 6.29 beta Linux (unifié : uniprocesseur et SMP) pour CPU sous Linux 64 bits

Tuto pour PS3

- tuto pour le client PS3 pour PlayStation 3 de Sony

 

Tutos divers

- Participer au monito

- tuto FahMon pour Windows : pour suivre l'avancement des calculs, connaître la date de fin estimée, le nombre de points apportés et bien d'autres infos.

- tuto FahMon pour Linux

- les paramètres : signification - placement - conditions d'utilisation

- tuto pour la carte de bouclage Microsoft : simule une connexion réseau permanente et empêche les clients SMP d'arrêter le calcul en cas d'une déconnexion réseau réelle.

Articles

- article sur la structure des protéines : pour en apprendre davantage sur les protéines.

Liens externes

- le Site du Zéro : explications et tutos régulièrement mis à jour.

 

 

Classement des participants

- le projet Folding@home : classement mondial sur le site officiel, statistiques sur KakaoStats

- l'équipe de l'Alliance Francophone : classement des mini-teams et des membres, top 20 des producteurs

- la mini-team Zebulon.fr : liste et classement des membres actifs.

 

À bientôt ?

l'équipe de Folding@home de Zebulon.fr

Modifié le 16 septembre 2010 par Cobra

[Cobra]

Tutoriels et articles

 

Ces tutoriels s'adressent à des plieurs avertis, à même de choisir eux-mêmes le client qui leur convient. Si vous avez besoin de recommandations précises, à savoir "quel client pour quelle machine", rendez-vous ici !

 

Tutos pour clients CPU classiques Windows

- tuto pour le client 5.04 text-only console pour CPU sous Windows NT/2000/XP/Vista (lancement d'une ou deux consoles)

- tuto pour le client 6.23 console client only pour CPU sous Windows XP/2003/Vista

- tuto pour le client 6.23 System tray pour CPU sous Windows XP/2003/Vista

Tuto pour client CPU SMP Windows

- tuto pour le client SMP2 6.30 pour CPU sous Windows 32/64 bits XP/2003/2008/Vista/7

Tutos pour clients GPU Windows

- tuto pour le client 6.23 GPU console (cartes graphiques ATI et NVidia) pour GPU sous Windows XP/2003/Vista

- tuto pour le client 6.23 GPU System tray (installer msi - cartes graphiques ATI et NVidia) pour GPU sous Windows XP/2003/Vista

Tutos pour clients CPU Linux

- tuto pour le client 6.02 Linux (unifié : uniprocesseur et SMP) pour CPU sous Linux 32/64 bits

- tuto pour le client 6.29 beta Linux (unifié : uniprocesseur et SMP) pour CPU sous Linux 64 bits

Tuto pour PS3

- tuto pour le client PS3 pour PlayStation 3 de Sony

 

Tutos divers

- Participer au monito avec FahMon

- Participer au monito avec HFM.net

- tuto FahMon pour Windows : pour suivre l'avancement des calculs, connaître la date de fin estimée, le nombre de points apportés et bien d'autres infos.

- tuto FahMon pour Linux

- tuto HFM.net pour Windows : plus performant que FahMon et son créateur le maintient à jour.

- les paramètres : signification - placement - conditions d'utilisation

- tuto pour la carte de bouclage Microsoft : simule une connexion réseau permanente et empêche les clients SMP d'arrêter le calcul en cas d'une déconnexion réseau réelle.

Articles

- article sur la structure des protéines : pour en apprendre davantage sur les protéines.

Liens externes

- le Site du Zéro : explications et tutos régulièrement mis à jour.

Modifié le 16 septembre 2010 par Cobra

[Cobra]

Tutoriel FahMon pour Windows

 

Il est nécessaire de visualiser instantanément où en est votre simulation dans sa progression et de voir d'un coup d'oeil tout ce qui se rapporte à la protéine traitée. Et cela s'avère encore plus utile si vous avez plusieurs ordinateurs en réseau dont certains pourraient même être sous Linux. Plusieurs petits logiciels existent et, pour ce tuto, nous nous arrêterons à FahMon pour Windows.

 

1 - Vous allez tout d'abord télécharger le logiciel qui vous intéresse : http://fahmon.net/download.html

Deux logiciels sont au choix, un installateur traditionnel et un fichier zip. C'est le fichier zip que nous avons choisi pour ce tuto.

Une fois le fichier zip téléchargé, dézippez-le dans un dossier quelconque, à votre convenance.

 

 

2 - Créez un raccourci de l'exécutable fahmon.exe et placez le à portée de main, normalement sur votre bureau.

Double-cliquez sur le raccourci et FahMon est lancé, sans aucune installation particulière.

Cliquez simplement sur "Téléchargement des projets actuellement en cours", puis sur "OK".

 

 

3 - La fenêtre principale de FahMon s'ouvre et nous allons devoir procéder à quelques paramétrages, puis entrer le ou les clients et calibrer un peu mieux la fenêtre. L'ordre dans lequel vous ferez cela n'a pas d'importance.

 

 

4 - Paramétrage

Cliquez sur le menu "FahMon" et sélectionnez "Préférences" !

Vous pouvez laisser l'onglet "Général" tel que c'est paramétré, à votre convenance.

 

 

Dans l'onglet "Monitoring", choisissez le mode d'affichage, en Français, comme indiqué, puis "les 3 dernières frames" et cochez la case "Ignorer les horloges désynchronisées".

Et vous avez terminé le paramétrage, vous pouvez cliquez sur "OK".

 

 

5 - Entrez un client

Faites clic droit sur une partie vide de la fenêtre principale et cliquez sur "Ajouter un nouveau client".

Une petite fenêtre s'ouvre avec deux informations à fournir, le nom et la localisation.

 

 

Nom : vous entrez, à votre convenance, le nom ou surnom du client, par exemple "SMP sur E8400"

Localisation : vous cliquez sur "..." pour chercher dans l'arborescence de votre ordinateur ou de votre réseau l'emplacement précis de votre client, comme ci-dessous :

 

 

Une fois le client sélectionné, vous cliquez sur "OK" et vous constatez que le client s'affiche bien dans la petite fenêtre. Si votre client se trouve sur une machine virtuelle, vous cochez la case, sinon vous pouvez fermer en cliquant sur "OK".

 

 

Maintenant, votre client apparaît bien dans la fenêtre principale mais la fenêtre n'est pas calibrée correctement.

 

 

6 - Finition et calibrage

Affichez le Fahlog en cliquant sur le menu "Outils" et sélectionnez "Montrer/Cacher FAHlog".

Affichez le Panneau d'information de l'unité de calcul en cliquant à nouveau sur le menu "Outils" et sélectionnez "Montrer/Cacher le panneau d'information WU".

Il ne reste plus qu'à cacher les colonnes superflues et redimensionner les colonnes qui vous intéressent en tirant sur les glissières.

 

 

Pour avoir des infos supplémentaires, cliquez sur le menu "Web" :

- "Mes Stats" affichent votre fiche de compte tenue à jour par Stanford

- "Folding Forum" vous relie directement au forum support de Stanford (en Anglais)

- "Résumé des projets" fournit la liste de tous les projets en cours avec leurs caractéristiques, atomes, points, délais...

- "Etat des serveurs" vous informe si un serveur fonctionne correctement ou est arrêté.

Modifié le 8 mai 2009 par Cobra

[Cobra]

Tutoriel FahMon pour Linux

 

Il est nécessaire de visualiser instantanément où en est votre simulation dans sa progression et de voir d'un coup d'oeil tout ce qui se rapporte à la protréine traitée. Et cela s'avère encore plus utile si vous avez plusieurs ordinateurs en réseau dont certains pourraient même être sous Windows. Plusieurs petits logiciels existent et, pour ce tuto, nous nous arrêterons à FahMon pour Linux.

 

Le paramétrage de FahMon ainsi que la saisie d'un client et le calibrage des colonnes sont absolument identiques à FahMon pour Windows. Reportez-vous au tutoriel intitulé "Tuto FahMon pour Windows".

 

Par contre, FahMon pour Linux nécessite une installation très particulière, nécessitant même une compilation. La procédure suivante est pratiquée sur la distribution Ubuntu qui est la plus utilisée.

 

1 - Téléchargez le package source, à partir de cette page officielle : http://fahmon.net/download.html

 

2 - Créez dans votre home un dossier nommé par exemple "FahMon" et placez-y le fichier téléchargé.

 

3 - Dézippez le fichier téléchargé !

Ouvrez le terminal et placez-vous dans le dossier concerné : cd ~/FahMon

Pour un fichier téléchargé nommé "FahMon-2.3.99.1.tar.bz2", tapez : tar xvf FahMon-2.3.99.1.tar.bz2

 

4 - Pour procéder à la compilation, vous devez avoir g++,wxgtk 2.6.4 ou supérieur et le wxgtk2.6-dev, ainsi que wx-common installés.

sudo apt-get install libwxgtk2.8-dev

Votre password sera demandé, tapez-le !

Le programme vous demande si vous acceptez que 35.2 Mo supplémentaires soient utilisés [O/n], acceptez par la lettre "o" (minuscule c'est bon) et le téléchargement et le paramétrage défilent jusqu'à ce que vous obteniez votre prompt.

sudo apt-get install wx-common

sudo apt-get install g++

Le programme vous demande à nouveau si vous acceptez 16.4 Mo supplémentaires, acceptez par "o" et le téléchargement des paquets et leur paramétrage défilent encore jusqu'au prompt.

 

5 - Compilez maintenant !

Placez-vous dans votre dossier FahMon : cd /home/[uSER NAME]/FahMon/FahMon-2.3.99.1 (USER NAME étant votre nom d'utilisateur créé lors de l'installation de votre système... ne pas mettre les crochets)

Et configurez avant de compiler : ./configure

On vous demandera d'accepter.

Et là, faites attention lorsque vous obtenez à nouveau votre prompt. Lisez et si la configuration s'est terminée avec la mention : "Could not find a valid libCURL installation on your system...", c'est que vous devez mettre à jour et installer une série de paquets libcurlxxxx, présents dans votre Gestionnaire de paquets Synaptic.

Cela fait, vous devez recommencer la procédure à partir de ./configure

Puis vous compilez : make

Finissez l'installation : sudo make install

 

L'installation est terminée, Un lien figure dans Applications/Outils système.

En faisant clic droit sur le lien, vous pouvez ajouter le lanceur à votre tableau de bord.

 

Comme dit plus haut, reportez-vous au "tuto FahMon pour Windows", afin de paramétrer convenablement votre logiciel.

Modifié le 29 avril 2009 par Cobra

[Cobra]

Booster le client SMP Windows avec Affinity Changer

 

Un petit logiciel ultra-léger qui se met en service, à l’installation, permet de mieux gérer automatiquement les affinités des processus FahCore du client SMP.

Il concerne uniquement le client SMP et les processeurs Intel dual ou quad-core. Ce logiciel est donc incompatible avec les processeurs AMD.

Précisons immédiatement que si le gain de production est conséquent pour 1 SMP sur un dual-core (15 à 30 %), il est nul pour 1 seul SMP sur quad-core. Mais pour 2 SMP sur un quad-core, le gain peut dépasser les 40 %.

 

Le téléchargement se fait à partir de la page officielle de l'auteur : http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=1149

Choisissez votre version, selon votre système d'exploitation : 32 ou 64 bits

 

L'installation est très simple.

 

Dans un dossier rangé à votre convenance, il suffit d'y mettre le fichier téléchargé puis de le dézipper.

 

 

Double-cliquez sur l'icône setup.exe !

 

 

Cliquez sur "Next" !

 

 

Cliquez sur "Next" !

 

 

Cliquez sur "Next" !

 

 

Cliquez sur "Close" et l'installation est terminée, aucun reboot n'est nécessaire, vous pouvez lancer votre ou vos clients SMP.

 

Cas particulier du quad-core

 

L'installation de 2 SMP sur une telle plateforme est profitable à la seule condition qu'aucun core ne soit déjà occupé par un autre client folding.

Si vous pliez déjà avec une carte graphique Nvidia utilisant les derniers drivers CUDA, les quatres cores sont libres et vous pouvez installer 2 SMP supplémentaires.

Par contre, à ce jour, les cartes Ati "consomment" un core et vous perdrez en performance si vous installez le deuxième SMP.

 

Il est recommandé de choisir deux clients SMP identiques, par exemple 2 MPICH.

 

Vous avez certainement déjà installé votre premier client SMP. Sinon, faites-le, conformément à la procédure décrite dans nos tutos !

 

En ce qui concerne l'installation du deuxième client SMP, commencez par créer un dossier que vous nommerez par exemple SMP2 dans le répertoire racine : C:\SMP2

Téléchargez le client ou utilisez une copie que vous rangez là où ça vous convient et double-cliquez dessus, pour lancer l'installation.

Un fenêtre vous alerte qu'une ancienne version est installée, il ne faut surtout pas accepter la suppression, et donc vous devez continuer l'installation en précisant bien le chemin vers le fichier SMP2, lorsque cela vous sera demandé, afin que tous les fichiers d'extraction s'y déversent.

Pour le reste, c'est exactement comme pour l'installation de la première instance mais lors de la configuration du client, dans "Change advanced options", vous devez mettre un numéro de "Machine ID" différent de celui des autres clients installés.

 

Remarque importante pour 2 SMP sur un quad-core : Si vous souhaitez fermer vos consoles, il n'est pas possible de le faire selon la procédure habituelle Ctrl+c, sous peine de perdre le travail en cours. Vous devez absolument laisser cette tâche à Windows par Démarrer/Arrêter l'ordinateur/Arrêter (ou Redémarrer). C’est une contrainte mais le jeu en vaut la chandelle.

Modifié le 5 mai 2009 par Cobra

[Cobra]

Sous Windows - virtualisation d'un système Linux

 

Ce tuto peut permettre à tout un chacun de se familiariser avec un autre OS que Windows, mais il est fait surtout pour les contributeurs Folding@home dans l'optique de faire tourner un client SMP standard ou BigAdv dans un environnement Linux, sans pour autant quitter sa plateforme Windows.

 

On peut installer tout simplement une distribution Linux en natif sur son ordinateur, dans une autre partition et en dualboot, mais chaque fois qu'on souhaitera utiliser Windows, il faudra rebooter. Afin de contourner cette contrainte et avoir les deux OS sous la main, car fonctionnant en simultané, il suffit d'installer un logiciel de "virtualisation" qui hébergera un ou plusieurs systèmes "invités" avec pratiquement toutes les fonctionnalités d'un système natif.

 

Vous avez donc un ordinateur dual, quad-core ou octo-core sous Windows 32 ou 64 bits avec un processeur 64 bits (Intel EM64T ou AMD 64), vous pouvez alors prétendre à la virtualisation d'un OS 64 bits Linux, absolument nécessaire pour faire tourner son client SMP. Dans le cas de la présence de VT (Virtualisation Technology) dans le Bios, il doit est "Enabled" (Activé) et il en est de même pour Execute Disable.

 

Il faut prévoir une mémoire suffisante pour le logiciel de virtualisation et son OS invité, car ils consommeront de la ram dès lors que la machine virtuelle est active, même si l'activité de l'OS "invité" est suspendue. Si 512 Mo sont le minimum dit "recommandé", il est plus raisonnable d'allouer 1024 Mo pour éviter les swaps qui pourraient ralentir les calculs. La plateforme totale devra donc avoir un minimum de 2 Go. Pour une VM sur 8 cores, il vaut mieux en avoir encore plus, pour plus d'efficacité et de confort. Il s'agit là de la ram nécessaire pour un client SMP standard. En ce qui concerne le cas particulier du SMP BigAdv, nous verrons en fin de tuto.

 

Le logiciel de virtualisation gratuit idéal que nous utiliserons est VMware Player 3.01. Il permet de reconnaître officiellemnt de 1 à 4 cores mais on peut le forcer, par une petite astuce, à en reconnaître 8 pour les processeurs à 8 cores physiques ou logiques. Par ailleurs, il permet de créer des machines virtuelles. La machine virtuelle Linux Ubuntu 64 bits qui sera créée permettra l'installation du client SMP Linux qui nous intéresse.

 

LES TÉLÉCHARGEMENTS

 

- L'OS "invité" : Ubuntu 9.10 (Karmic Koala)

 

- Cherchez et téléchargez le fichier ISO intitulé : "ubuntu-9.10-desktop-amd64.iso" qui pèse 691 Mo.

 

Pour notre exemple, nous avons choisi Ubuntu 9.10 mais vous pouvez rechercher et installer le Linux que vous préférez, si vous êtes connaisseur, ou celui qui serait plus rapide, selon vous. Mais surtout, ne téléchargez pas une version 32 bits !

 

- Le logiciel de virtualisation : VMware Player 3.01

 

Faites bien attention de prendre la version 3.01 car la version 3.10 ne permet pas la bidouille pour 8 cores.

Ce logiciel est gratuit mais non libre, l'enregistrement est obligatoire. Un accusé de réception d'enregistrement vous est retourné par mail, vous permettant d'activer votre compte chez VMware, et télécharger le logiciel.

 

- Bill2 Process Manager : Téléchargement - Bill2's Process Manager

 

Ce logiciel permet de gérer les affinités et les priorités. Il sera utile uniquement en vue de faire cohabiter un client GPU avec la machine virtuelle. Il suffira de régler la priorité des FahCore concernés sur "temps réel" pour éviter une chute de points.

 

L'INSTALLATION DU LOGICIEL DE VIRTUALISATION VMware Player 3

 

Avant de commencer la procédure d'installation, il est recommandé de désinstaller toute version de WMware qui se trouve sur votre ordinateur. Si vous ne le faites pas maintenant, il vous sera demandé de le faire à l'installation de VMware Player 3, sinon celui-ci ne voudra pas s'installer.

Il est recommandé également de défragmenter le disque dur où la nouvelle partition sera réalisée. Et il est préférable d'installer cette nouvelle partition sur le disque dur autre que celui de Windows.

 

Puis, vous double-cliquez sur l'installateur VMware Player 3 et vous vous laissez guider.

 

Si un avertissement de sécurité Windows vous demande si vous voulez continuer, pressez sur "Exécuter" !

 

Cliquez sur "Next" !

 

Cliquez sur "Next" !

 

Cliquez sur "Next" !

 

L'installation est prête à se lancer, pressez sur "Continue" !

La barre de progression indique l'état de l'installation.

 

L'installation du logiciel de virtualisation est terminée, pressez sur "Restart Now", pour redémarrer l'ordinateur !

 

Vous allez maintenant passer à l'étape suivante...

 

...qui est la CRÉATION DE L'ESPACE VIRTUEL ET SES RÉGLAGES

Modifié le 28 juin 2010 par Cobra