J'ai eu exactement le même problème. L'ordinateur était un relai ouvert pour les spammeurs (plusieurs milliers de spams à l'heure en continu)
Aucun anti-virus (NOD32, Kaspersky 6, Avast, scans en ligne) , anti-spyware (Spybot, Adaware, Smitfraud ...), hijackthis ne m'ont été d'un grand secours ...
Il n'y avait ni trojan, ni virus, ni spyware, ni vers.
Seul le pare-feu (Zone Alarm dans mon cas) a pu m'aider à bloquer ce problème et à résolu la lenteur de la connexion.
En fait j'ai surtout autorisé le logiciel de messagerie et les autres programmes dont j'étais sûr) ayant besoin d'accéder à internet.
J'avais également désactivé un ou deux services, mais je ne me souviens plus ...
Par contre faites attention, car si ce genre de problème est emmerdant pour le particulier, le FAI peut bloquer la connexion et vous envoyer un courrier de suspension d'abonnement. (cas Orange). Vous restez le seul responsable de votre ordinateur et de sa sécurité.