Je pense que tu devrais tout gérer directement depuis l'interface de ta E-boutique, et ceci pour une bonne raison :
Si tu as une E-boutique plus un logiciel de gestion, il faudra impérativement que les 2 dialogues!! il faudra que ta boutique récupére les articles, stocks etc depuis ton logiciel de gestion. C'est faisable mais il faut bien s'y connaitre en base de données! Tu fais un petit script que t'éxecutes toutes les heures par exemple (par cron par exemple). Si tu ne veux pas faire ça, tu seras obliger de faire une double saisi des articles, des commandes etc... Ou alors prendre un logiciel de gestion ou il est prévu un module de boutique en ligne (ca existe?), mais tu en auras largement pour plus de 150€. Vu que tu trouvais déjà cela cher, je pense que tu peux oublier..
Moi je te conseille de tout gérer depuis l'interface de gestion de ta E-Boutique. Tu peux essayer prestashop, c'est très bien fait, custumizable, très simple à installer et tu peux gérer les commandes, factures etc...
Bon courage!