Malgré l'âge du post, j'ai eu le même problème avec toujours les mêmes réponses, à savoir : passer par un logiciel payant, ou passer par virtualdub qui oblige à générer au final un fichier .avi ...
Il y a cependant une solution via un logiciel gratuit nommé mpg2cut2 :
il ne recompresse pas la vidéo (rapide et pas de perte de qualité), il permet de découper en plusieurs segments (idéal pour retirer pubs et autre) et il corrige les erreurs éventuelles, et il est facile d'utilisation.
Il semble que le site officiel soit http://rocketjet4.tripod.com/Mpg2Cut2.htm
On trouve également un lien de téléchargement sur http://www.videohelp.com/tools/Mpg2Cut2
Voici un rapide tuto pour le prendre en main :
http://lapageatotof.free.fr/docs/it/procs/Mpg2Cut2.pdf
En espérant éviter à quelqu'un d'autre ma recherche de plusieurs heures pour trouver cela ...