Zebteam Folding@home

pour info : sauvegarde de la version précédente du premier post de ce topic, avant modification Historique En octobre 2017, Kana-chan, l'un des membres actifs de notre mini-team Zebulon.fr, a ressuscité les stats de JGP Soldat, précédemment hébergées par toTOW sur le site folding.fleucorp.net mais hélas à l'arrêt depuis plusieurs mois. Kana s'est servi du code généreusement laissé disponible par JGP (ici : folding.fleucorp.net/installation.htm), en a conservé la présentation et toutes les fonctionnalités, et se montre très réactif face aux divers bugs à fixer et aux améliorations proposées ! Sans cacher qu'à l'automne 2017 nous étions assez inquiets de la menace qui pesait alors sur l'avenir du forum de l'AF, il n'était cependant pas question de le remplacer, mais uniquement de remédier aux premiers obstacles que nous avions rencontrés en tentant de relancer le folding sur Zeb. La zebteam tient donc à préciser que tout ceci a été réalisé dans le seul but de ne pas voir disparaitre l'énorme investissement de JGP, qui depuis des années permet, à chaque plieur, à chaque mini-team de l'AF, de comparer ses stats aux autres. Accès et contenu Les pages sont générées par un pc perso de Kana-chan, et envoyées sur un hébergement mutualisé offert par Nthor (aka Thor de PcPerf). La page d'accueil de folding.fleucorp.net a également été reproduite : folding.fr/stat/kana/folding ← à vos marque-pages... Les stats sont normalement mises à jour quotidiennement, quelques minutes après 09h00, heure de Paris. STATS INTERNES - classement des membres actifs de l'Alliance Francophone et classement complet - classement des mini-teams de l'Alliance Francophone + classement des 30 meilleurs producteurs de la journée et de la semaine + graphiques - message du jour STATS PAR MINI-TEAM mini-teams représentant un pays : - la France : classement des membres actifs et classement complet • tag = [France] - le Québec : classement des membres actifs et classement complet • tag = [Quebec] - la Belgique : classement des membres actifs et classement complet • tag = [Belgique] - la Suisse : classement des membres actifs et classement complet • tag = [Suisse] mini-teams représentant un forum ou un site web, ou tout autre groupe : - Présence-PC.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [PPC] - PC-INpact.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [INpact] - Génération-NT.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [GNT] - Nokytech.net : classement des membres actifs et classement complet • tag = [Nokytech] - L'Entraide Est Notre Force À Tous : classement des membres actifs et classement complet • tag = [LEENFAT] - Knight of Eternity : classement des membres actifs et classement complet • tag = [KE] - Les Fermiers Généreux : classement des membres actifs et classement complet • tag = [FG] - Tout sur le net.org : classement des membres actifs et classement complet • tag = [TSLN] - Clubic.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [Clubic] - ENS-Cachan : classement des membres actifs et classement complet • tag = [ENS-Cachan] - Rhône-Alpes Hardware.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [RAH] - PC-infopratique.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [pc-infopratique] - Les Anciens de Genome@home : classement des membres actifs et classement complet • tag = [GAH] - PC-Astuces.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [PCA] - 3dChips-fr.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [3dChips] - Cooling-Masters.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [Cooling-Masters] - QuaddXmas : classement des membres actifs et classement complet • tag = [QuaddXmas] - Zebulon.fr : classement des membres actifs et classement complet • tag = [Zebulon.fr] - AMD-Hardware.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [AMD-Hardware.com] - Unité-Vidéo.com : classement des membres actifs et classement complet • tag = [UV] - La F(o)uck Team : classement des membres actifs et classement complet • tag = [FOUCK] - PcPerf.fr : classement des membres actifs et classement complet • tag = [PcPerf] - DoDFr : classement des membres actifs et classement complet • tag = [DoDFr] - Techage.fr : classement des membres actifs et classement complet • tag = [Techage] - Les Numériques : classement des membres actifs et classement complet • tag = [LesNumeriques] STATS MONDIALES - classement des 100 meilleurs plieurs mondiaux chez Stanford - classement des 100 meilleures équipes chez Stanford, leur différentiel par jour et leur différentiel par semaine par rapport à l'Alliance Francophone. CREDITS Le code source (PERL) servant à générer ces stats a été créé en 2001 par JGP Soldat, publié ici, et est actuellement maintenu par [Zebulon.fr]_Kana-chan. Affectation individuelle par mini-team Rappels : • Un compte de l'AF (team 51) qui n'est rattaché à aucune des mini-teams listées est automatiquement comptabilisé dans les « non-associés ». • Un compte ne peut être rattaché qu'à une seule mini-team à la fois. • Un compte n'est rattaché à une mini-team que si le plieur l'a volontairement choisi, selon l'une de ces deux uniques modalités : - soit il a créé un nouveau compte folding, avec un tag (balise entre crochets) qui correspond à la mini-team choisie, - soit il en a fait la demande expresse, à l'AF jusqu'en 2016, et ici même à partir de 2017. Attention : Les seuls fichiers de configuration des mini-teams (.cfg) actuellement disponibles sont ceux de JGP Soldat dans leur état de début octobre 2017, mais : 1. tous les correctifs apportés à ces fichiers d'origine sont justifiés ici : #176 ← les mises à jour se trouvent désormais uniquement dans ce topic du forum de l'AF 2. toutes leurs mises à jour ultérieures sont détaillées là : #166 ← les mises à jour se trouvent désormais uniquement dans ce post du forum de l'AF Comme auparavant, et selon les mêmes modalités que celles établies à l'AF par JGP Soldat et JWhy, il est possible de : ► rallier automatiquement une mini-team Pour cela, il suffit, lors de l'installation ou la configuration du client (voir tuto), de choisir dans le champ Name un identifiant de plieur de la forme [tag]_Pseudo, où le tag correspondant à chaque mini-team est indiqué dans la liste des liens ci-dessus. Attention : Lors de la saisie de votre identifiant, soyez svp très attentif à son libellé (en particulier au tiret _ et aux crochets [ et ] ; dans le doute faites un copier-coller !) Précision : À la création d'un nouveau compte folding, les crédits Stanford sont de 0 wu et 0 points ! ► changer de mini-team pour info, les modalités précédentes pour changer de mini-team sont ici : ancien forum de l'AF → Le topic où l'on dit à JGP Soldat dans quelle division on veut être (webarchive, 15 pages) Désormais, pour cette modif, le plieur doit personnellement en faire la demande à Kana-chan dans ce topic du forum de l'AF, en précisant : son identifiant folding la mini-team qu'il souhaite rejoindre éventuellement la mini-team qu'il souhaite quitter. Précision : Le plieur conservera ainsi son identifiant et donc chaque point et wu précédemment crédités, qui par conséquent seront réattribués à la nouvelle mini-team ! ► créer une nouvelle mini-team pour info, les modalités précédentes pour créer une nouvelle mini-team sont ici : ancien forum de l'AF → Petite page pour les mini-teams (webarchive, 1 page) Désormais, la demande doit être faite à Kana-chan dans ce topic du forum de l'AF : Aucune condition n'est requise pour la création d'une mini-team représentant un pays : il suffit de créer un tag et le déclarer. Pour toute autre situation (par ex : mini-team représentant un forum ou un site, mini-team constituée d'un groupe de connaissances, etc) : créer un tag pour commencer à plier sous ce tag, et compter au moins 10 participants actifs au moment de la demande. Pour toute modification de votre affectation, ainsi que pour toutes vos questions ou suggestions concernant les stats, il convient désormais de s'adresser à Kana-chan dans ce topic du forum de l'Alliance Francophone. Et pour tout le reste, notre topic folding et son bar vous sont ouverts, ainsi que tout le reste du forum ! Autres liens : AUTRES SITES DE STATS : stats site officiel stanford : top 1000 de l'AF stats perso : https: espace à supprimer //stats.foldingathome.org/donor/XXX ← ici l'identifiant folding complet (ou le numéro de donor) stats eoc (màj toutes les trois heures pour tout user dont le total des points est supérieur à 375) stats kakao (info : kakao est hélas down depuis juin 2018 !) LIENS STANFORD : état des serveurs liste des projets actuellement en cours (délais et points) recent CPU Avertissement : 1. Pour poster sur ce forum, si ce n'est pas déjà fait, il vous faudra préalablement vous inscrire sur cette page : Créer un compte. 2. De plus, dans les sections JRAD « J'ai Rien À Dire mais j'le dis quand même » et JVRAD « J'ai Vraiment Rien À Dire » du forum, le compteur de messages ne s'incrémente pas. Tant qu'un nouvel inscrit n'aura pas posté ailleurs, il sera à chaque message averti que « Ce message doit être accepté par un modérateur avant d'être affiché », et la modération sera donc amenée à valider chacun de ses posts concernant le folding. Pour supprimer cette contrainte pénible pour tous, un modo lui proposera d'aller créer un topic bidon ailleurs que dans JRAD et JVRAD : ainsi, dès que le compteur du nouvel inscrit passera à « 1 message » la prévisu sera levée (et le topic bidon poubellisé), et tout le forum lui sera alors définitivement accessible en écriture, sans restriction. 3. Toutes les infos sur le fonctionnement du forum à lire ici : Pour bien utiliser le forum ▼ edits

TOPO SUR LA SIMULATION DU REPLIEMENT DES PROTÉINES article rédigé en 2004 par Greywolf Je vais essayer d'expliquer ce pourquoi vos PC moulinent comme des fous ! La modélisation tridimensionnelle des protéines n'étant pas mon domaine particulier, je prie les puristes d'excuser les points de détail non abordés. Les protéines sont des assemblages moléculaires très complexes, dont la fonction est fortement liée à leur conformation dans l'espace. Cette conformation est dépendante de nombreux facteurs physico-chimiques (température, pH, hydrophobicité), structuraux, et micro-environnementales (interaction protéines-protéines, transformation chimique sur des points clés de la structure)... Une protéine se décrit selon 4 structures hiérarchisées. 1. La structure primaire représente la séquence des acides aminés (a.a. = briques élémentaires) composant la protéine et peut aller de quelques acides aminés à plusieurs centaines. Les acides aminés ont une structure commune organisée autour d'un atome de carbone, et ce carbone peut établir 4 liaisons chimiques fortes avec d'autres atomes (carbone asymétrique sp3). Ces 4 liaisons s'organisent à 120° l'une de l'autre, la structure d'un acide aminé est donc à la base tétraédrique, le carbone C étant au centre du tétraèdre. H | NH2 --- C ---- COOH structure commune des a.a. | R Les acides aminés s'emboîtent les uns dans les autres via la fonction acide (COOH) qui réagit avec la fonction amine (NH2) : c'est la liaison peptidique. Donc déjà, première constatation, à chaque fois qu'on rencontre un C on tourne à 120° dans un plan. Les acides aminés diffèrent entre eux par le radical R, qui peut être très court et peu encombrant (un hydrogène H pour la glycine) ou très long et ramifié pour d'autres acides aminés. La nature physicochimique de R (propriétés électrostatiques, hydrophobicité, encombrement stérique, càd taille dans l'espace) impose des contraintes à la chaîne protéique. En effet, les résidus hydrophobes dans un milieu hydrophile ont tendance à se regrouper ensemble, les résidus chargés positivement attire les résidus chargés négativement, les gros résidus imposent un angle particulier à la chaîne protéique, les acides aminés soufrés se relient entre eux par des ponts disulfure... 2. La structure secondaire est dépendante des motifs basiques formés par certains enchaînement d'acides aminés. En effet, on sait que si on retrouve une glycine (petit a.a) tous les 3 a.a, suivie d'une proline (qui impose un coude à la chaîne protéique) et d'une deuxième série de glycine tous les 3 a.a, on obtiendra une structure en feuillet (dite bêta). D'autres structures secondaires existent, tels les hélices alpha qui forment une structure hélicoïdale avec des résidus hydrophobes à l'extérieur et des résidus hydrophiles à l'intérieur : ça va s'insérer dans les membranes lipidiques des cellules et créer des canaux (pour les ions par exemple). 3. La structure tertiaire est le repliement de tout ça les uns sur les autres en prenant en compte toutes les forces d'attraction et de répulsion ainsi que d'encombrement stérique en fonction de l'environnement direct. La structure la plus stable (mais pas forcément la plus probable dans un milieu biologique) est celle qui a l'énergie potentielle la plus faible (on va pas rentrer dans la thermodynamique). 4. Enfin la structure quaternaire représente les assemblages des sous-unités protéiques d'un gros complexe (ex : hémoglobine = 2 chaînes de globine alpha + 2 chaînes de globine bêta, chaque globine portant un hème) Pour compliquer le tout, les protéines peuvent subir des transformations au cours de leur maturation ou de leur vie au sein de la cellule (ajout de sucres, phosphorylation) qui vont directement influer sur leur structure 3D et donc sur leur fonction et les interactions qu'elles peuvent exercer avec leur environnement. D'ailleurs, il existe des protéines dites « chaperonnes » qui aident la maturation d'une protéine à trouver sa forme dite normale et active. Tous ces calculs doivent servir à déterminer les structures 3D les plus probables dans n conditions d'où la somme colossale de calculs : ça fera une base de connaissance mais cela restera que du calcul théorique (in silico). Quand on sait qu'une protéine isolée dans un tube à essai (in vitro) ne se comporte pas forcément (et même loin de là !) de la même façon que dans la cellule (in vivo), il reste du chemin à parcourir... GROMACS et TINKER sont apparemment des algorithmes de calcul utilisés dans la dynamique moléculaire. Mais qu'est-ce que la dynamique moléculaire ? C'est une discipline à la croisée de la biologie moléculaire, des mathématiques, de la physique et de la chimie quantique qui étudie les trajectoires des atomes au cours du temps. Pour vous faire voir un peu la complexité des calculs (qui dépendent du nombre d'atomes considéré) : http://www.lptl.jussieu.fr/users/viot/COURS/coursdea2003/node28.html (*) Une expérience de dynamique moléculaire se déroule en 3 étapes à partir des données structurales tridimensionnelles d'une molécule (ici les protéines) obtenues par diverses techniques telle la cristallographie par rayons X, la RMN 3D, etc. 1ère étape : thermalisation : on chauffe virtuellement la structure protéique pour casser les liaisons interatomiques faibles afin d'obtenir la séquence primaire 2ème étape : équilibration : stabilisation virtuelle de la molécule dépliée 3ème étape : production : on suit à la femtoseconde près (10^-15 s = 1 millionième de milliardième de seconde) la trajectoire de tous les atomes constituant la protéine au cours de son repliement (repliement qui suit des lois thermodynamiques, physiques et chimiques précises). Les atomes interagissant tous avec leurs voisins, la somme de calculs est relativement astronomique ! On peut imaginer qu'une step correspond au repliement d'une protéine à la femtoseconde donnée (ceci n'engage que moi et n'est pas le fruit d'une recherche poussée dans le fonctionnement du programme). Les précédentes études de dynamique moléculaire se déroulaient dans un vide virtuel, certaines interactions interatomiques n'étaient donc pas prises en compte. L'équipe de Stanford semble avoir intégré l'environnement aqueux à leur modélisation, ce qui collerait plus avec l'environnement cellulaire, mais qui rajoute encore plus de calculs. Une fois obtenue la cinétique précise de repliement des protéines, on peut envisager leur comparaison entre la protéine normale et celle identifiée dans les pathologies afin de déterminer à quel moment ça coince. Tous ces calculs restent cependant très théoriques car, malgré le fait de la prise en compte de l'environnement aqueux, je ne sais pas si l'intervention de protéines chaperonnes est prise en compte. Voilà, en espérant ne pas vous avoir trop barbés... ________________________________________________________ (*) NDLR : lien de 2004 mort en 2020, une version est archivée ici le pdf de cette page en est assez approchant : Simulation Numérique en Physique Statistique, Cours de Master 2ème année

📌 CONFIGURER HFM tuto pour la v.0.9.12 rédigé en mars 2020 par Longaripa HFM est une application open-source conçue pour monitorer les clients Folding@Home. On peut l'utiliser sur n'importe quel appareil du réseau, même si l'application de folding n'est pas installée. REMARQUE : nécessite .NET Framework version 6 pour fonctionner. Cette application est créée par harlam357 Elle est disponible ici : github.com/harlam357/hfm-net/releases, la dernière version est la 10.3.2016 (du 13/01/2024) On peut choisir la version installable sous Windows : HFM 10.x.xxxx.msi, ou la version portable HFM 10.x.xxxx.zip. 1. Pour la version portable : téléchargez et décompressez HFM 10.x.xxxx.zip dans le dossier de votre choix. 2. Vérifiez avoir préalablement autorisé l’accès à distance dans l'onglet Remote Access du client (Advanced Control → menu Configure) : voir ci-dessus. 3. Lancez l'application HFM.exe : NB : captures réalisées sous une version antérieure 4. Ajoutez les clients. Dans le menu : Clients → Add client, renseignez : - le nom du client tel qu'il apparaîtra - l'adresse IP de la machine cliente - le port (= 36330 par défaut) - le mot de passe, tel qu'il est défini dans les paramètres de Remote Access du client Un clic sur le bouton Test Connection permet de s'assurer de la bonne configuration. Validez par OK : le client apparaîtra dans la fenêtre. Procédez de même pour chacun des autres clients. 5. Paramétrages supplémentaires : D'abord, à partir du menu Edit → Préférences, • l'onglet Startup & External permet de : - lancer HFM au lancement de Windows, et de le lancer en mode fenêtre réduite, - sélectionner la configuration à charger au démarrage. ← IMPORTANT • l'onglet Web Settings permet de renseigner l'ID EOC, l'ID Stanford, l'ID Team pour un accès direct. • l'onglet Scheduled Tasks permet de créer un site Web, en local ou en externe. Enfin, le menu File permet de sauvegarder la configuration, ou d'en restaurer une.

📌 CONFIGURER LE MONITORING DANS L'ADVANCED CONTROL tuto pour la v.7.4.4 rédigé en mars 2018 par Ricou et Ju' NB : captures réalisées sous la v.7.4.4, toujours d'actualité avec la v.7.5.1 et les v.7.6.x la dernière release du client est la v.7.6.21, datant du 24/10/2020 : nous sommes en train de mettre à jour ce tuto... Le but de ce tuto est de paramétrer le contrôleur pour qu'il puisse monitorer plusieurs machines depuis un pc de votre réseau local. REMARQUE : il faudra avoir auparavant défini une adresse IP fixe pour le(s) ordinateur(s) que vous voulez manager à distance. 1. Sur chaque poste que vous voulez manager, lancez le client et l'Advanced Control, menu Configure et onglet Remote Access : • Password et Reenter : entrez votre mot de passe et réinscrivez-le à nouveau. ATTENTION : ce mot de passe étant écrit en clair dans le fichier de configuration et également transmis en clair sur le réseau, ne choisissez pas votre mot de passe le plus important ici, car il pourrait être récupéré. • Port : aucune importance, laissez celui par défaut si vous voulez, du moment qu'aucune autre application sur l'ordinateur ne l'utilise. • IP Address Restriction C'est le plus compliqué, mais tout est bien expliqué, il suffit de lire... l'anglais ! Il y a 2 cases : Allow pour les IP autorisées, Deny pour les IP refusées. Par défaut : - champ Allow : il y a l'IP 127.0.0.1 qui est l'ordinateur local. ATTENTION : si vous enlevez cette IP, vous ne pourrez plus utiliser l'Advanced Control sur l'ordinateur sur lequel il est lancé : il faut la laisser ! - champ Deny : il y a 0/0 pour refuser toutes les IP, sauf celles autorisées. ATTENTION : si vous l'enlevez, toutes les IP deviennent autorisées, ce qui est fortement déconseillé ! VOS RÉGLAGES : - dans le champ Allow, indiquez l'IP de l'ordinateur sur lequel vous souhaitez lancer l'Advanced Control qui contrôlera ce client, en mettant un espace derrière le 127.0.0.1. (par exemple vous pouvez écrire : 127.0.0.1 192.168.1.11 192.168.1.52 pour que ces 3 ordinateurs puissent accéder au client) - champ Deny : conservez le 0/0 par défaut. REMARQUE : Si l'ordinateur qui doit se connecter au client est connecté en wifi, il peut être gênant de lui définir une IP . Vous pouvez donc par exemple définir la plage DHCP de votre routeur pour être sûr que votre ordinateur portable aura une IP autorisée automatiquement. (par exemple, de mémoire sur une Livebox : 127.0.0.1 192.168.1.10/50 – ou 127.0.0.1 192.168.1.10-192.168.1.50 : c'est la même chose..., ou, si vous voulez autorisez tous les ordinateurs se connectant chez vous : 127.0.0.1 192.168.1.2/255) • Passwordless IP Address Restriction Vous pouvez reprendre les mêmes paramètres que précédemment dans les deux champs Allow et Deny. REMARQUES : - si vous définissez une IP fixe pour un seul ordinateur, il peut être dans Passwordless. - si vous voulez indiquer des plages d'IP pour plusieurs ordinateurs, il vaut mieux l'inscrire dans les cases avec mot de passe pour que des personnes se connectant chez vous (avec votre accord ou à votre insu), ne puissent pas s'y connecter. NB : N'oubliez pas de sauvegarder votre configuration ! 2. Configurez ensuite votre pare-feu pour qu'il laisse passer la connexion sur le port choisi pour l'application Fahclient. NB : N'oubliez pas ensuite de relancer le client pour qu'il prenne les paramètres en compte ! 3. Sur l'ordinateur qui doit prendre le contrôle, lancez l'Advanced Control, zone Clients : Comme vous voulez faire un maximum de points, normalement vous avez aussi un client folding qui tourne sur ce poste, donc l'Advanced Control est déjà connecté à celui-ci sur local. Il suffit donc de cliquer sur Add (ou Ajouter) en bas pour en ajouter un autre. Voici sa fenêtre de configuration : • Name : indiquez le nom que vous voulez afin de reconnaître l'ordinateur • Address : - Hostname or IP : indiquez l'IP de l'ordinateur sur lequel vous venez d'autoriser le contrôle à distance. - Port : il doit bien évidemment être identique à celui défini précédemment. • Password : celui choisi, si vous en avez précisé un. NB : N'oubliez pas de sauvegarder votre configuration, puis redémarrez votre ordinateur. Vous aurez alors une ligne supplémentaire dans la zone Clients, qui si tout va bien, indiquera Online. Sinon c'est que vous avez raté quelque chose...

📌 INSTALLER UNE MISE À JOUR DU CLIENT POUR WINDOWS coup de pouce rédigé en avril 2020 par Longaripa 1. Télécharger la mise à jour sur cette page. 2. Arrêter le client : il suffit de cliquer-droit sur l'icône de la zone de notification, puis sur Pause pour arrêter le folding, et enfin sur Quit pour arrêter le client. AUTRE MÉTHODE : ouvrir l'Advanced Control par l'icône , cliquer sur Pause pour arrêter le folding puis sur Exit pour arrêter le contrôleur, ensuite cliquer-droit sur l'icône de la zone de notification afin de cliquer sur Quit pour arrêter le client. REMARQUE : Sous Windows, le passage par Quit n'est pas indispensable pour procéder à la mise à jour, car l'installeur arrête lui-même les processus éventuellement en fonction avant d'installer la nouvelle version. 3. Lancer la mise à jour : • double-cliquer sur le fichier téléchargé précédemment. NB : si une fenêtre SmartScreen s'ouvre « Windows a protégé votre ordinateur », cliquer sur Informations complémentaires, puis sur Exécuter quand même. (c'est un problème de signature numérique du logiciel, qui devrait être résolu rapidement) • comme dans la procédure d'installation, cliquer sur Next, puis I Agree, puis Express install et Next, et enfin sur Finish sans décocher la case Start Folding@home, qui permettra au client de se relancer automatiquement dès la fin de la nouvelle installation. Ce choix Express install permet d'utiliser le même dossier d'installation, et donc de conserver les paramètres de la version précédente du client. REMARQUE : pour ceux qui précédemment n'ont pas choisi l'installation Express, et installé le folding (client et/ou data & config) dans un dossier dédié personnel, l'installation Custom conserve également ces paramètres. 4. Relancer le folding : Le client est relancé, mais le folding est en pause : il suffit de cliquer-droit sur l'icône de la zone de notification, puis sur Pause pour décocher la pause, ce qui relance le folding. AUTRE MÉTHODE : le folding peut aussi être relancé dans l'Advanced Control, par le bouton Fold.

📌 TROUVER LES INFOS CONCERNANT DE CHAQUE CLIENT DANS L'ADVANCED CONTROL Toutes les précisions concernant une wu en cours de traitement se trouvent dans l'Advanced Control. Quand deux clients simultanés tournent, l'un CPU et l'autre GPU, pour connaître les infos propre à l'un des deux, il faut sélectionner le slot voulu dans le cadre Folding Slots (situé sous le pseudo) pour que le cadre de droite Selected Work Unit donne toutes les indications le concernant, en particulier son ppd (voir aussi tuto §5.1 pour la liste complète des indications). ATTENTION ! Ne pas se fier à l'inversion vidéo, il faut vraiment cliquer sur le slot voulu pour être sûr de la sélection ! (autre moyen : dans le cadre Selected Work Unit, la référence du FahCore (= moteur de calcul) est 0xa7 pour un client CPU, et 0x21 ou 0x22 pour un client GPU). Quant à l'estimation du ppd global de la machine, elle figure à la fois : • en haut à droite de la fenêtre de l'Advanced Control (sous le bouton Viewer) • en bas à gauche dans la barre d'état.

📌 RELANCER LA CONNEXION AUX SERVEURS SANS ARRÊTER LE CLIENT Pour débloquer une wu à 99,99% ou réduire la durée du Next Attemp : • ouvrir l'Advanced Control • cliquer sur Finish puis Fold, puis Pause, et enfin Fold. ATTENTION ! Ne pas utiliser cette combine pour réduire abusivement la durée du Next Attemp, sauf lorsqu'elle devient déraisonnable (par exemple si elle excède trois heures). Le client est conçu pour que le temps d'attente avant une nouvelle tentative de connexion augmente progressivement, jusqu'à atteindre plusieurs heures, ceci pour éviter de faire crouler les serveurs sous des milliers de connexions simultanées. Le délai est indiqué en face de Next Attemp. Avec cette manip, la protection est contournée, et le Next Attemp chute : le client va effectivement de nouveau solliciter le serveur, plus tôt que prévu...

📌 RELANCER LE CLIENT Relancer le client, c'est l'arrêter puis le redémarrer. Pour cela : 1. faire un clic-droit sur l'icône de la zone de notification (comme pour accéder à l'Advanced Control) 2. cliquer sur Quit : 3. redémarrer le client : soit par le raccourci créé sur le bureau à l'installation, soit par le menu Démarrer de Windows : FAHClient→ Folding@home.exe

📌 POSTER UN LOG ► Pour copier le log : 1. ouvrir l'Advanced Control (par l'icône de la zone de notification), 2. sélectionner l'onglet Log, 3. décocher la case Follow pour que le log ne se mette pas à jour pendant l'opération, et cliquer sur Refresh, 4. cliquer sur Copy pour copier la totalité des lignes du log. ► Pour envoyer le log copié dans un message du forum.zebulon.fr : • mieux vaut l'insérer en mode code par ce bouton de l'éditeur : . • pour éviter d'alourdir la page, certains placent de plus leur log en spoiler : cette manip n'est pas directement accessible dans l'éditeur, il faut donc coller les lignes de log entre ces balises : [*spoiler][*code] lignes ici... [/code][/spoiler] ← supprimer bien entendu ces étoiles * (seulement indispensables pour que les balises soient lisibles ici dans cette explication) • il est également possible d'héberger le fichier txt, par exemple chez cjoint, et de n'en copier que le lien sur le forum. Pas de panique si vous ne vous en sortez pas avec l'éditeur ou ces balises : collez directement le log, au besoin un gentil modo se chargera d'insérer les balises correctes.

📌 CONSULTER UN LOG ARCHIVÉ Le client conserve un certain temps les anciens logs, sous forme de fichiers txt. Ils sont archivés dans le dossier choisi lors de l'installation, par défaut sous Windows : • pour la v.7.5.x dans : C:\Users\Zezette\AppData\Roaming\FAHClient\logs • pour la v.7.6.x dans : C:\ProgramData\FAHClient\logs sous la forme : log-AAAAMMJJ-hhmmss.txt (sous Linux, ils se trouvent dans /var/lib/fahclient ) Remarque : le log en cours est également accessible, sous forme de fichier texte, directement dans le dossier FAHClient : log.txt

📌 RECHERCHER DANS LE LOG SI UNE WU A BIEN ÉTÉ RETOURNÉE AUX SERVEURS • la ligne Core Shutdown: FINISHED_UNIT indique la fin du calcul, • la ligne SEND error:NO_ERROR indique que l'envoi a réussi. Par défaut, le client réclame une nouvelle wu à plier quand celle en cours parvient à 99%. Ce sont les lignes suivantes du log qui indiquent si l'upload de la wu terminée a pu se dérouler normalement : • la ligne Server responded WORK_ACK (work acknowledgment) signifie que le serveur accepte le travail effectué sur la wu, • la ligne Final credit estimate indique le nombre de points rétribuant cette wu. Exemple : 05:48:58:WU00:FS01:0x22:Completed 2000000 out of 2000000 steps (100%) .................. 05:49:02:WU00:FS01:0x22:Folding@home Core Shutdown: FINISHED_UNIT 05:49:03:WU00:FS01:FahCore returned: FINISHED_UNIT (100 = 0x64) 05:49:03:WU00:FS01:Sending unit results: id:00 state:SEND error:NO_ERROR project:11748 run:0 clone:3026 .... 05:49:03:WU00:FS01:Uploading 12.57MiB to 140.163.4.231 05:49:03:WU00:FS01:Connecting to 140.163.4.231:8080 05:50:23:WU00:FS01:Upload 1.49% .................. 05:52:48:WU00:FS01:Upload 98.41% 05:52:58:WU00:FS01:Upload complete 05:52:58:WU00:FS01:Server responded WORK_ACK (400) 05:52:58:WU00:FS01:Final credit estimate, 47558.00 points 05:52:58:WU00:FS01:Cleaning up

📌 DÉSACTIVER (OU RÉACTIVER) UN SLOT ► Pour désactiver un slot CPU : Ouvrez l'Advanced Control (par l'icône de la zone de notification), et cliquez sur le bouton Configure en haut à gauche : (1) affichez l'onglet Slots (2) cliquez sur le Folding slot correspondant au CPU (3) cliquez sur Remove en bas à droite (4) validez par Save (ce qui ferme la fenêtre Configure). ► Pour désactiver un slot GPU : suivre la même procédure, avec évidemment un slot GPU à l'étape (2). ► Pour réactiver un slot arrêté : Dans l'onglet Slots de la fenêtre Configure, suivez ces mêmes instructions (1) et (2) puis cliquez sur Add à l'étape (3). Une nouvelle fenêtre s'ouvre : (4) cochez le type de slot à ajouter : CPU ou GPU (5) validez par OK (ce qui ferme cette fenêtre Folding Slot) (6) enfin, de retour dans la précédente fenêtre Configure, validez par Save (ce qui la ferme également).

📌 ACCÉDER À L'ADVANCED CONTROL L'Advanced Control est un contrôleur beaucoup plus complet que le Web Control. Il ne se présente pas comme une page web, mais comme une application. Vous en trouverez toutes les fonctionnalités détaillées dans ce tuto, mais pour l'instant vous n'avez sans doute pas besoin d'en maîtriser toute la configuration. Il vous sera simplement utile de savoir comment l'ouvrir : par l'icône de la zone de notification (cette zone est cachée par défaut : cliquez sur le symbole ˄ pour la faire apparaître) :

📌 ARRÊTER OU DÉMARRER LE CLIENT Quand vous souhaiterez arrêter ou démarrer le client (en particulier à l'extinction ou au re-démarrage de votre ordinateur), restaurez la fenêtre du Web Control par votre marque-page, ou par le raccourci créé sur votre bureau lors de l'installation, ou encore par l'icône de la zone de notification : ► Pour arrêter le client, cliquez simplement sur Stop Folding, et vous pourrez choisir : • Finish up, then stop : pour laisser finir le calcul complet de la (ou des) wu en cours, puis arrêter le client. • Stop now : pour arrêter immédiatement le client ; au lancement suivant, vos calculs reprendront à partir de leur dernière sauvegarde. ► Pour re-démarrer le client, après avoir restauré la page du Web Control, cliquez simplement sur Start Folding :

LE CHOIX DE L'IDENTIFIANT ET DE LA TEAM Avertissement à propos du choix de l'identifiant : Nous ne pouvons qu'encourager les nouveaux plieurs à s'abstenir d'employer d'autres caractères que les caractères usuels, et de se limiter à ces caractères : - lettres de A à Z et leurs minuscules de a à z (surtout sans accent, ni tréma, ni cédille !!), - chiffres de 0 à 9, - ces seuls cinq caractères spéciaux : . (point) [ ] (crochets ouvrant et fermant) _ (tiret bas, ou underscore) - (tiret) sinon ils risquent de ne pas pouvoir accéder à la totalité de leurs stats (stats officielles, ou stats EOC, ou kanastats). Il convient d'ÉVITER ABSOLUMENT l'utilisation : - des caractères # ^ ~ | (réservés par le staff Folding@home), et le caractère espace (préférez le tiret bas _ ), - des séquences http ou www : sinon vous risquez de ne pas pouvoir accéder à vos stats officielles, - du caractère @ : celui-ci et tous les caractères qui le suivent seront tronqués dans les listes de statistiques officielles, donc également dans les kanastats, et risquent alors d'être confondus avec un identifiant plus court ! - des caractères " (guillemets) et /\ (slash et antislash) : ceux-ci sont bien reconnus, mais ils seront remplacés par | (barre verticale, ou pipe) ou _ (tiret bas, ou underscore) dans les stats de Kana-chan. De plus, les identifiants sont sensibles à la casse (distinction majuscules/minuscules) : ainsi Zezette, zezette et ZEZETTE seraient bien des identifiants distincts. Les statistiques officielles différencient par exemple les stats de nono (actuellement 166·345 pts et 643 wu) et celles de NoNo (7·064 pts et 94 wu), et chacun a bien sa propre fiche sur le site officiel. En revanche, dans les faits, les stats d'EOC ne sont pas sensibles à la casse ! Par exemple, EOC ne reconnait qu'un seul nono dans la team 51, celui qui a marqué le plus de points ; de même entre Domieuh (actuellement 26·536 pts et 147 wu) et domieuh (1·188 pts et 3 wu), ou entre jerome (349·130 pts et 36 wu) et Jerome (108·544 pts et 33 wu) : seul le mieux classé de ces homophones est reconnu, et les suivants sont simplement ignorés (ainsi NoNo, domieuh et Jerome n'existent pas pour EOC) ! Avant de se choisir un identifiant, un nouveau plieur a donc tout intérêt à rechercher dans cette liste si celui envisagé n'est pas déjà utilisé par un autre plieur ! Contrôle du nom de compte Folding@home cet outil vous permet de vérifier que le nom que vous souhaitez utiliser ne posera pas problème et vous proposera une alternative si jamais c'était le cas Pourquoi adhérer à une équipe ? [...]

LE FOLDING AVEC UN PORTABLE Possesseur d'un portable, vous souhaitez plier. • Attention, beaucoup de portables supportent assez mal de tourner à fond h24 (= en permanence). Pour cette raison, dans certains cas, il sera peut-être préférable d'en désactiver le slot GPU (voir instructions plus bas). Nous vous conseillons d'installer un logiciel capable de vous indiquer les diverses températures de votre pc. Par exemple : Speedfan (gratuit, tuto ici). • Le client est par défaut configuré pour s'arrêter lorsque l'alimentation provient uniquement de la batterie ; cependant, avant de débrancher votre portable, prenez la précaution d'arrêter proprement le folding (comme décrit deux posts plus bas). Besoin de conseils ? Rendez-vous dans le topic de la zebteam

LE LOG article rédigé en mars 2020 par Longaripa Sous l'appellation logs (ou fahlog) se cachent les fichiers qui contiennent l'historique du logiciel de pliage, sous forme de lignes de texte. Ils sont particulièrement utiles en cas de problème dans le pliage. ► Pour consulter le log en cours : Ouvrir l'Advanced Control (par l'icône de la zone de notification), et sélectionner l'onglet Log. Trois filtres sont proposés : • Slot : il permet de visualiser le travail d'un seul des clients, CPU ou GPU • Unit : il permet de suivre l'évolution d'une seule unité traitée (wu) • Warning & Errors : il permet de n'afficher que les lignes indiquant une alerte ou une erreur. (si on ne sélectionne aucun filtre, on visualise le fichier en entier) Tout en bas, un bouton Copy permet une copie aisée des lignes sélectionnées, pour au besoin les coller dans un message sur le forum. ► Pour consulter les logs archivés : voir là. Indications portées sur le log Chaque ligne débute par : son horaire UTC, l'identification de la wu traitée (WU00, WU01, ...), son slot (FS00, FS01, ...) et son Core (= moteur de calcul 0x21, 0x22, ...) La plupart des lignes se présentent ainsi : 14:26:07:WU01:FS01:0x22:Completed 1720000 out of 2000000 steps (86%) 14:29:33:WU01:FS01:0x22:Completed 1740000 out of 2000000 steps (87%) 14:33:01:WU01:FS01:0x22:Completed 1760000 out of 2000000 steps (88%) Elles indiquent l'évolution en pourcentage du traitement d'une wu, ici la WU01 du slot FS01. Ces valeurs sont visibles dans l'onglet Status de l'Advanced Control : - le pourcentage correspond au Progress, ici un peu plus de 88%. - la durée de l'avant-dernière frame correspond à l'Estimated TPF (Temps Per Frame = durée de 1%), ici : de 86% à 87% donc entre 14:26:07 et 14:29:33, soit 3 min 26 s. Pour rechercher dans le log si une wu terminée a bien été retournée aux serveurs : voir là. Exemples de déroulement normal d'une wu ► téléchargement, calcul des frames, renvoi : 00:06:38:WU00:FS01:Assigned to work server 140.163.4.231 00:06:38:WU00:FS01:Requesting new work unit for slot 01: READY gpu:0:GP107 [GeForce GTX 1050 LP] 1862 from 140.163.4.231 00:06:38:WU00:FS01:Connecting to 140.163.4.231:8080 00:06:56:WU00:FS01:Downloading 4.53MiB 00:07:02:WU00:FS01:Download 42.79% 00:07:08:WU00:FS01:Download 96.62% 00:07:08:WU00:FS01:Download complete 00:07:08:WU00:FS01:Received Unit: id:00 state:DOWNLOAD error:NO_ERROR project:11748 run:0 clone:3026 gen:8 core:0x22 unit:0x000000168ca304e75e6a7fef2ae4599e 00:07:08:WU00:FS01:Starting 00:07:08:WU00:FS01:Running FahCore: /usr/bin/FAHCoreWrapper /var/lib/fahclient/cores/cores.foldingathome.org/v7/lin/64bit/Core_22.fah/FahCore_22 -dir 00 -suffix 01 -version 705 -lifeline 1399 -checkpoint 15 -gpu-vendor nvidia -opencl-platform 0 -opencl-device 0 -cuda-device 0 -gpu 0 00:07:08:WU00:FS01:Started FahCore on PID 4237 00:07:08:WU00:FS01:Core PID:4241 00:07:08:WU00:FS01:FahCore 0x22 started 00:07:08:WU00:FS01:0x22:*********************** Log Started 2020-03-28T00:07:08Z *********************** 00:07:08:WU00:FS01:0x22:*************************** Core22 Folding@home Core *************************** 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Type: 0x22 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Core: Core22 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Website: https://foldingathome.org/ 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Copyright: (c) 2009-2018 foldingathome.org 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Author: John Chodera <john.chodera@choderalab.org> and Rafal Wiewiora 00:07:08:WU00:FS01:0x22: <rafal.wiewiora@choderalab.org> 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Args: -dir 00 -suffix 01 -version 705 -lifeline 4237 -checkpoint 15 00:07:08:WU00:FS01:0x22: -gpu-vendor nvidia -opencl-platform 0 -opencl-device 0 -cuda-device 00:07:08:WU00:FS01:0x22: 0 -gpu 0 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Config: <none> 00:07:08:WU00:FS01:0x22:************************************ Build ************************************* 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Version: 0.0.2 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Date: Dec 6 2019 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Time: 21:20:17 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Repository: Git 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Revision: f87d92b58abdf7e6bf2e173cfbc4dc3e837c7042 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Branch: core22 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Compiler: GNU 4.8.2 20140120 (Red Hat 4.8.2-15) 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Options: -std=gnu++98 -O3 -funroll-loops 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Platform: linux2 4.9.87-linuxkit-aufs 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Bits: 64 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Mode: Release 00:07:08:WU00:FS01:0x22:************************************ System ************************************ 00:07:08:WU00:FS01:0x22: CPU: Intel(R) Core(TM) i5-2500K CPU @ 3.30GHz 00:07:08:WU00:FS01:0x22: CPU ID: GenuineIntel Family 6 Model 42 Stepping 7 00:07:08:WU00:FS01:0x22: CPUs: 4 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Memory: 7.76GiB 00:07:08:WU00:FS01:0x22:Free Memory: 5.11GiB 00:07:08:WU00:FS01:0x22: Threads: POSIX_THREADS 00:07:08:WU00:FS01:0x22: OS Version: 4.15 00:07:08:WU00:FS01:0x22:Has Battery: false 00:07:08:WU00:FS01:0x22: On Battery: false 00:07:08:WU00:FS01:0x22: UTC Offset: 1 00:07:08:WU00:FS01:0x22: PID: 4241 00:07:08:WU00:FS01:0x22: CWD: /var/lib/fahclient/work 00:07:08:WU00:FS01:0x22: OS: Linux 4.15.0-91-generic x86_64 00:07:08:WU00:FS01:0x22: OS Arch: AMD64 00:07:08:WU00:FS01:0x22:******************************************************************************** 00:07:08:WU00:FS01:0x22:Project: 11748 (Run 0, Clone 3026, Gen 00:07:08:WU00:FS01:0x22:Unit: 0x000000168ca304e75e6a7fef2ae4599e 00:07:08:WU00:FS01:0x22:Reading tar file core.xml 00:07:08:WU00:FS01:0x22:Reading tar file integrator.xml 00:07:08:WU00:FS01:0x22:Reading tar file state.xml 00:07:09:WU00:FS01:0x22:Reading tar file system.xml 00:07:09:WU00:FS01:0x22:Digital signatures verified 00:07:09:WU00:FS01:0x22:Folding@home GPU Core22 Folding@home Core 00:07:09:WU00:FS01:0x22:Version 0.0.2 00:07:15:WU00:FS01:0x22:Completed 0 out of 2000000 steps (0%) 00:07:15:WU00:FS01:0x22:Temperature control disabled. Requirements: single Nvidia GPU, tmax must be < 110 and twait >= 900 00:10:39:WU00:FS01:0x22:Completed 20000 out of 2000000 steps (1%) 00:14:04:WU00:FS01:0x22:Completed 40000 out of 2000000 steps (2%) ............... 05:45:33:WU00:FS01:0x22:Completed 1980000 out of 2000000 steps (99%) 05:48:58:WU00:FS01:0x22:Completed 2000000 out of 2000000 steps (100%) 05:48:59:WU00:FS01:0x22:Saving result file ../logfile_01.txt 05:48:59:WU00:FS01:0x22:Saving result file checkpointState.xml 05:49:01:WU00:FS01:0x22:Saving result file checkpt.crc 05:49:01:WU00:FS01:0x22:Saving result file positions.xtc 05:49:02:WU00:FS01:0x22:Saving result file science.log 05:49:02:WU00:FS01:0x22:Folding@home Core Shutdown: FINISHED_UNIT 05:49:03:WU00:FS01:FahCore returned: FINISHED_UNIT (100 = 0x64) 05:49:03:WU00:FS01:Sending unit results: id:00 state:SEND error:NO_ERROR project:11748 run:0 clone:3026 gen:8 core:0x22 unit:0x000000168ca304e75e6a7fef2ae4599e 05:49:03:WU00:FS01:Uploading 12.57MiB to 140.163.4.231 05:49:03:WU00:FS01:Connecting to 140.163.4.231:8080 05:50:23:WU00:FS01:Upload 1.49% 05:50:33:WU00:FS01:Upload 5.96% .................. 05:52:48:WU00:FS01:Upload 98.41% 05:52:58:WU00:FS01:Upload complete 05:52:58:WU00:FS01:Server responded WORK_ACK (400) 05:52:58:WU00:FS01:Final credit estimate, 47558.00 points 05:52:58:WU00:FS01:Cleaning up ► reprise du travail : Par défaut, un checkpoint (= point de contrôle) est créé toutes les 15 minutes. À la suite d'un arrêt, le pliage reprend à partir du checkpoint précédent. 09:57:53:WU01:FS01:0x22:Found a checkpoint file 09:58:10:WU01:FS01:0x22:Completed 50000 out of 2000000 steps (12%) 09:58:10:WU01:FS01:0x22:Temperature control disabled. Requirements: single Nvidia GPU, tmax must be < 110 and twait >= 900 09:59:54:WU01:FS01:0x22:Completed 60000 out of 2000000 steps (13%) 10:03:19:WU01:FS01:0x22:Completed 80000 out of 2000000 steps (14%) Quelques exemples d'anomalies au cours du traitement d'une wu ex 1 : 13:37:17:WU02:FS00:Connecting to 65.254.110.245:8080 13:37:17:WARNING:WU02:FS00:Failed to get assignment from '65.254.110.245:8080': No WUs available for this configuration ► Le client s'est connecté à un serveur, mais n'a pas pu télécharger de wu, faute de disponibilité sur le serveur. ex 2 : 14:38:48:WU01:FS01:Downloading 79.12MiB 14:38:54:WU01:FS01:Download 1.97% 14:39:00:WU01:FS01:Download 4.74% 14:39:06:WU01:FS01:Download 7.82% 14:39:12:WU01:FS01:Download 10.51% 14:39:18:WU01:FS01:Download 12.80% 14:39:24:WU01:FS01:Download 14.85% 14:39:25:ERROR:WU01:FS01:Exception: Transfer failed 15:07:49:WU01:FS01:Connecting to 65.254.110.245:8080 15:07:50:WU01:FS01:Assigned to work server 140.163.4.231 15:07:50:WU01:FS01:Requesting new work unit for slot 01: READY gpu:0:Tonga [Radeon R9 200 Series] from 140.163.4.231 15:07:50:WU01:FS01:Connecting to 140.163.4.231:8080 15:08:11:WARNING:WU01:FS01:WorkServer connection failed on port 8080 trying 80 15:08:11:WU01:FS01:Connecting to 140.163.4.231:80 15:08:32:ERROR:WU01:FS01:Exception: Failed to connect to 140.163.4.231:80: Une tentative de connexion a échoué car le parti connecté n’a pas répondu convenablement au-delà d’une certaine durée ou une connexion établie a échoué car l’hôte de connexion n’a pas répondu. ► Le téléchargement a commencé, mais a rencontré une erreur ; le client a alors demandé une autre wu sur un autre serveur, mais la connexion au serveur a échoué : il y a visiblement un problème de réseau, au niveau des serveurs ou du client. ex 3 : 10:21:16:WU00:FS01:Sending unit results: id:00 state:SEND error:NO_ERROR project:11743 run:0 clone:3549 gen:9 core:0x22 unit:0x000000098ca304f15e69d7544d4e8349 10:21:16:WU00:FS01:Uploading 23.04MiB to 140.163.4.241 10:21:16:WU00:FS01:Connecting to 140.163.4.241:8080 10:21:38:WU00:FS01:Upload 0.81% 10:21:49:WU00:FS01:Upload 1.36% 10:23:04:WU00:FS01:Upload 8.41% 10:26:24:WU00:FS01:Upload 34.72% 10:28:06:WU00:FS01:Upload 48.82% 10:30:17:WU00:FS01:Upload 71.06% 10:30:20:WARNING:WU00:FS01:Exception: Failed to send results to work server: Transfer failed 10:30:20:WU00:FS01:Trying to send results to collection server 10:30:21:WU00:FS01:Uploading 23.04MiB to 128.252.203.4 10:30:21:WU00:FS01:Connecting to 128.252.203.4:8080 10:30:27:WU00:FS01:Upload 1.36% 10:30:33:WU00:FS01:Upload 2.71% ► L'envoi des résultats a échoué, un autre envoi se déclenche vers un autre serveur. ex 4 : 09:36:50:WU00:FS01:Connecting to 155.247.166.219:8080 09:36:53:WARNING:WU00:FS01:WorkServer connection failed on port 8080 trying 80 09:36:53:WU00:FS01:Connecting to 155.247.166.219:80 09:36:55:ERROR:WU00:FS01:Exception: Failed to connect to 155.247.166.219:80: Aucune connexion n’a pu être établie car l’ordinateur cible l’a expressément refusée. ► Une connexion vers un serveur a été initiée, mais le serveur a refusé la connexion. ex 5 : 21:06:13:WU01:FS01:0x22:Completed 60000 out of 2000000 steps (3%) 21:09:38:WU01:FS01:0x22:Completed 80000 out of 2000000 steps (4%) 21:12:54:WARNING:WU02:FS01:FahCore crashed with Windows unhandled exception code 0x40010004, searching for this code online may provide more information 21:12:54:WARNING:WU02:FS01:FahCore returned: UNKNOWN_ENUM (1073807364 = 0x40010004) 21:12:54:WU02:FS01:Starting 21:12:54:WU02:FS01:Running FahCore: "C:\Program Files (x86)\FAHClient/FAHCoreWrapper.exe" M:\Folding\cores/cores.foldingathome.org/v7/win/64bit/amd/Core_21.fah/FahCore_21.exe -dir 02 -suffix 01 -version 705 -lifeline 12932 -checkpoint 15 -gpu-vendor amd -opencl-platform 0 -opencl-device 0 -gpu 0 21:12:54:WU02:FS01:Started FahCore on PID 13388 21:12:54:WU02:FS01:FahCore 0x21 started 21:12:55:WARNING:WU02:FS01:FahCore returned an unknown error code which probably indicates that it crashed 21:12:55:WARNING:WU02:FS01:FahCore returned: UNKNOWN_ENUM (-1073741205 = 0xc000026b) ► Une erreur a été détectée ; le client FahCore a crashé, un arrêt de la machine a provoqué ce plantage.

LE PRCG : DÉCODAGE Prenons un exemple : la wu PRCG 16420 (13,1,17) est identifiée par le numéro de Project (ici : 16420) suivi de trois valeurs valeurs Run, Clone et Gen (ici : Run=13, Clone=1 et Gen=17) pour différencier les wus du même projet. → davantage d'infos sur ces valeurs expérimentales (but in english !) sur le site officiel Pour nous, plieurs : le Project est la protéine à l'étude, le Run est l'une des simulations, démarrée à partir d'une conformation particulière, et chaque Run contient de nombreux clones, avec des propriétés initiales différentes. Chaque ordinateur ne reçoit à traiter qu'une petite partie d'un Clone, identifiée par le Gen, son numéro de génération. Un ordinateur commencera par la génération 0, et un autre ordinateur ne recevra la génération 1 que lorsque le premier aura achevé la précédente. Et ainsi de suite car les labos de Folding@home ne peuvent pas démarrer la génération n+1 avant le retour de la génération n, et il peut y avoir des centaines de générations ! C'est pourquoi les wu ont des deadlines : la rapidité du travail est fondamentale pour les chercheurs ! Alors ne vous inquiétez pas si vous semblez traiter à nouveau la même protéine, ce n'est pas le cas, vérifiez le PRCG : volontairement, Folding@home n'attribue jamais deux fois la même wu, sauf en cas de wu défectueuse ou trop tardive. Cependant, toutes les wus d'un même projet ont les mêmes caractéristiques (nombre d'atomes de la molécule, base credit, timeout, deadline), affichées dans le psummary (il est donc normal d'avoir le même TPF, et donc le même ppd, pour deux wus du même projet).

LE BONUS ET LES DEADLINES À RESPECTER Le bonus ou QRB (= Quick Return Bonus, bonus de retour rapide), défini pour chaque wu, est une majoration énorme de ses points ! Il n'est appliqué qu'aux plieurs authentifiés avec leur passkey, et uniquement après au moins 10 wu retournées avec succès, et conservant un taux de wu correctes supérieur à 80 % ! Il n'est de plus jamais attribué : - ni à une wu retournée au-delà du délai alloué (timeout), ni a fortiori au-delà de son délai d'expiration (deadline) - ni à un retour partiel ou foiré (Faulty = la wu est retournée, mais son calcul s'est mal déroulé : elle est classée défectueuse et elle ne rapportera d'ailleurs que de tous petits points, voire aucun). Le statut du bonus de chaque plieur est accessible ici. → davantage d'infos (but in english !) sur le site officiel REMARQUE : Le PPD annoncé par les contrôleurs (Web Control et Advanced Control) ainsi que le « Final credit estimate » indiqué sur le log intègrent toujours le bonus, alors que, lors des 10 premières wu, celui-ci n'est pas encore applicable ! Dans l'Advanced Control, pour chaque wu en cours, trois dates (et heures) sont indiquées pour vous informer des délais : • Assigned : date du téléchargement de la wu, et du début du calcul. • Timeout : date optimale pour rendre la wu : si elle est retournée après cette date, le bonus est perdu, seul est alloué le Base Credit (= crédit de base, défini sur cette page). • Expiration : date de péremption, ou deadline de la wu : après cette date, elle ne rapporte aucun point.

LA PASSKEY La passkey est un code unique créé depuis la v.6 pour identifier individuellement chaque contributeur : dans le cas où plusieurs participants s'associent sous le même pseudo, elle permet au staff Folding@home de repérer un éventuel tricheur, qui ne serait motivé que par les points. Elle n'est pas obligatoire pour plier, mais est indispensable pour bénéficier du très motivant bonus ! Pour la demander (ou la renouveler si vous l'avez égarée), renseignez votre identifiant de plieur et votre adresse mail dans ce formulaire : apps.foldingathome.org/getpasskey → davantage d'infos (but in english !) sur le site officiel

LES POINTS Pour attirer et fidéliser les participants au projet, le staff de Folding@home a mis en place un système de rétribution toute virtuelle, où chaque wu rendue (Work Unit = unité de travail) rapporte un certain nombre de points au contributeur. Un classement officiel est établi, qui alimente la compétition entre plieurs (= participants), entre groupes de plieurs (pour nous : les miniteams, au sein de l'Alliance Francophone) ou entre teams au niveau mondial. Remarque : évidemment, vous n'aurez aucun point si vous choisissez de plier en anonyme ! La valeur en points (= pts) d'une wu dépend de la vitesse à laquelle votre ordinateur la plie, donc à la fois de la complexité intrinsèque du travail confié (la « taille » de la wu) et de la puissance de votre machine. Son achèvement étant évidemment très important pour les chercheurs, plus vous la rendez rapidement, plus elle vous rapporte ! Une fois achevés le traitement et le retour de la première wu confiée à votre ordinateur, vos points s'affichent dans le Web Control : Ils s'ajoutent à ceux de la team (Alliance Francophone) : Le lien See stats vous permet d'accéder à votre page personnelle officielle de statistiques, mise à jour toutes les heures.

Sommaire : topo sur la simulation du repliement des protéines le choix de l'identifiant, de la team la passkey les points le bonus et les deadlines le PRCG le folding avec un pc portable Concernant uniquement la version 7 du client folding : arrêter ou démarrer le client accéder à l'Advanced Control désactiver (ou réactiver) un slot relancer le client relancer la connexion sans arrêter le client installer une mise à jour du client trouver les infos concernant la wu de chaque slot dans l'Advanced Control le log, le TPF rechercher dans le log si une wu terminée a bien été retournée aux serveurs consulter un log archivé poster un log sur le forum configurer le monitoring dans l'Advanced Control configurer HFM Le tuto complet de la v.7 est là : Folding : les tutos Et pour les explications sur le folding (le projet, l'équipe, les stats, liens divers) voir Bienvenue dans la section Folding@home du forum !

Pus' 03/01/2020 à vendre : carte graphique ASUS GTX970 Strix Gtev' 22/03/2020 à donner : carte graphique AMD Radeon 6970 ← terminé 22/03/2020 à donner : carte graphique AMD Radeon 5870

Folding@home : contribuer de chez soi à un projet scientifique essentiel ! Folding@home est un projet de calcul distribué à caractère biomédical, dont le but est d'étudier le processus de repliement des protéines en vue d'établir leur conformation finale. Initié en 2000 par le Pr. Vijay Pande du département de chimie de l'Université Stanford (Californie), le projet est actuellement est dirigé par le biophysicien informaticien Greg Bowman, docteur et professeur associé de biochimie et de biophysique moléculaire à l'école de médecine de l'Université Washington à Saint-Louis (Missouri). Il est déployé et maintenu par le Folding@home Consortium, une structure pluridisciplinaire à but non lucratif regroupant des universités de divers pays (dont USA, Hong-Kong, Suède, Croatie, ...) qui garantit aux scientifiques du monde entier l'accès aux résultats des calculs. En grande partie financé par les National Institutes of Health (NIH) et la National Science Foundation (NSF) des USA, il est (ou a été) également soutenu, financièrement et techniquement, par des entités privées réputées dont Google (barre d'outils), Sony (PS3), Apple, Intel, ATI, Nvidia (CUDA), Dell, etc. ☆ Un peu de biologie moléculaire : pourquoi ce processus de repliement (= folding) est-il si important ? « En tant qu'éléments structurels, les protéines sont les principaux composants de nos os, de nos muscles, de nos cheveux, de notre peau et de nos vaisseaux sanguins. En tant qu'anticorps, elles reconnaissent les éléments intrus et permettent au système immunitaire de se débarrasser des indésirables. » source : Folding@home, Pande Group. Les protéines sont les constituants essentiels de toute cellule vivante, et elles contiennent les précieux acides aminés qui doivent se relier entre eux pour acquérir leur fonction immunitaire : c'est le « repliement » des protéines. L'état actuel des connaissances montre que leur transformation, en particulier l'accumulation de protéines mal repliées, est impliquée dans le processus de nombreuses maladies, neurodégénératives telles que les maladies d'Alzheimer, de Parkinson, de Huntington et la SLA, ou virales telles que l'hépatite C, la grippe, le HIV, la dengue, Ebola, Zika et bien d'autres(*), ainsi que dans de très nombreux cancers (dérégulation des protéines kinases), et plus encore : diabète de type II, sclérose en plaques, ostéogenèse imparfaite, maladie de Creutzfeldt-Jakob, encéphalopathie spongiforme bovine, fibrose cystique, drépanocytose, etc. (*) edit mars 2020 : dont la maladie à coronavirus covid-19. Folding@home accentue actuellement ses efforts sur l'identification de cibles pour un anticorps thérapeutique contre le virus SARS-CoV-2. Il est donc très important pour les chercheurs d'identifier toutes les formes que chaque protéine peut prendre en se repliant, afin d'en déterminer le caractère inoffensif ou pathogène (= normal ou anormal), car seule une cartographie extrêmement précise du repliement de toutes les protéines permettra de développer de futurs médicaments pour faire reculer les terribles maladies. Résoudre le plus rapidement possible le mystère du repliement des protéines est donc vital, pour nous-mêmes et pour nos enfants ! Vous voulez en apprendre davantage sur le rôle capital que jouent les protéines dans notre organisme, sur l'objectif et les enjeux du projet Folding@home ? Visitez le site officiel du projet : foldingathome.org ainsi que celui de l'Alliance Francophone : www.alliancefrancophone.org dont notre équipe fait partie. ☆ Le calcul distribué (= distributed computing) : kézako ? Le repliement des protéines étant trop rapide pour être observé in vivo, une équipe de chercheurs animée par le Pr. Vijay Pande au sein du Pande Lab, a décidé d'avoir recours à la simulation informatique pour l'étudier. Hélas, ces simulations extrêmement complexes nécessitent une énorme puissance de calcul, qui représente un investissement financier absolument irréalisable pour des labos de recherche universitaires. Afin d'obtenir toute la puissance de traitement nécessaire à un avancement rapide de la recherche, Folding@home fait appel, dans le monde entier, à tout possesseur d'un ou plusieurs ordinateurs personnels connectés à internet, pour qu'il offre au projet la puissance inutilisée de ses machines : c'est à la maison (= at home) que seront calculées les étapes de la simulation ! Le calcul distribué, c'est tout simplement le découpage d'un calcul extrêmement complexe et long en milliers d'unités indépendantes, unités dont le traitement est confié à une multitude d'ordinateurs bénévoles. En effet, sur un plan statistique, on constate que près de 95% de la puissance des ordinateurs personnels est inemployée. En clair : votre ordinateur s'ennuie, puisqu'il passe presque tout son temps à attendre que vous lui fassiez exécuter une tâche, laquelle ne requiert que rarement la totalité de ses ressources ! Là où la technologie Folding@home excelle, c'est qu'une fois que vous aurez installé son logiciel client, il ne prélèvera que la puissance inutilisée de votre ordinateur : le calcul prendra 100 % des ressources pendant que vous ne vous servirez pas de votre ordinateur et, cas extrême, pratiquement 0 % si vous le sollicitez énormément par ailleurs. Vous hésitez ? Sachez que le logiciel client travaillera en priorité basse : dans vos tâches quotidiennes, vous ne vous rendrez pratiquement pas compte du calcul effectué en arrière-plan, dont le traitement s'adaptera constamment aux ressources disponibles de votre machine... et de plus vous aurez gagné un excellent chauffage ! ☆ Un challenge pour votre bécane ! Afin d'attirer et de fidéliser les participants, le staff de Folding@home a instauré un système de rétribution : chaque unité de travail (= wu) rendue rapporte un certain nombre de points au donateur. Et pour susciter et entretenir l'esprit de compétition, un classement est établi avec ces points. Le classement est individuel mais il est également tenu à jour par équipes (= teams) : suivre l'évolution de son classement et de sa production est (très) stimulant ! Vous aimez jouer à kikalaplusgrosse ? Rejoignez-nous ! ☆ Chacun peut contribuer à l'avancée de la science : vous aussi !! Sachez aussi que tous les résultats bruts des simulations étudiées par les chercheurs de Folding@home sont gratuitement mis à la disposition de la communauté scientifique : depuis 2001, les données de simulation ont permis de publier plus de 200 articles dans des revues scientifiques, et les résultats expérimentaux engagés concordent avec les simulations informatiques. À vocation scientifique universelle, humanitaire et altruiste, le projet Folding@home connaît un immense succès, avec plus d'un million de contributeurs. Actuellement, toute cette puissance permet aux chercheurs de Folding@home faire des simulations d'une complexité inégalée et plusieurs milliers de fois plus longues qu'aux débuts du projet. En mars 2020, bénéficiant d'une mobilisation massive liée à la pandémie covid-19, le projet devient la plus grosse puissance de calcul de l'histoire, en dépassant le seuil symbolique de l'exaFlop ! En avril, cette puissance de calcul devance celle des 500 meilleurs supercalculateurs du monde réunis, et le réseau Folding@home fédère à ce jour plus de 2,5 millions d'ordinateurs bénévoles dans le monde entier. Depuis le début de la crise sanitaire mondiale, de très nombreuses simulations portent sur les protéines du virus SARS-CoV-2, afin de comprendre comment elles se lient aux cellules humaines, et où cibler de potentielles thérapies. Aucun doute, vous aussi pouvez contribuer aux avancées de la recherche médicale !! Toute participation, même la plus humble, est utile : « les petits ruisseaux font les grandes rivières » ... Pour finir de vous convaincre, voici des vidéos édifiantes : (un simple petit clic sur chaque miniature, quelques minutes à peine) : La version STFR s'active en cliquant en bas à droite de la vidéo, d'abord sur Sous-titres, puis sur Paramètres → Sous-titres → Traduire automatiquement → Français ☆ Ça y est, vous avez décidé d'apporter votre pierre à ce noble édifice, et vous vous demandez par où commencer ? C'est très simple : pour participer, il suffit de télécharger sur le site officiel un logiciel appelé client qui, une fois installé et configuré, va appeler un serveur de Folding@home pour charger une unité de travail, effectuer les calculs nécessaires, renvoyer les résultats au serveur, puis charger une nouvelle unité... et ainsi de suite. Tout cela automatiquement et aussi longtemps que vous souhaiterez contribuer au projet. Vous trouverez ci-dessous des liens pour toutes les informations en français sur le téléchargement, l'installation et la configuration de ce client. La zebteam : l'équipe Zebulon.fr Depuis juin 2004, sous l'impulsion de TheClem et Davy, les membres de Zebulon.fr motivés par le projet Folding@home se sont associés pour y participer : ils contribuent au sein de la team 51 qui est celle de l'Alliance Francophone, dans laquelle ils constituent une mini-team et se reconnaissent à leur pseudo de plieur commençant par [Zebulon.fr]_ . En 2017, la zebteam a créé sur le forum le compte collaboratif Zebteam Folding@home : il est désormais l'unique auteur de toutes les publications collectives, en particulier des tutos et coups de pouce proposés par nos foldingueurs. De plus l'un de nos membres, Kana-chan, a pris la relève de JGP Soldat pour produire quotidiennement les statistiques des mini-teams de l'Alliance Francophone et de l'ensemble de ses membres. Voici la liste de nos principaux topics : les tutos + les coups de pouce : nos tutos (téléchargement, installation et configuration du client) et toutes nos p'tites astuces pour le folding les stats : la gestion des statistiques de l'Alliance par Kana-chan l'actu de la zebteam : la présentation de la zebteam et (!) les résumés des nos évènements folding la galerie de la zebteam : là où nos zebplieurs se racontent... et dévoilent leurs bécanes le bazar à Zézette : où nous nous séparons de matos d'occaz convenant au folding le topic ← N'hésitez pas à nous y rejoindre, le bar est toujours ouvert ! (il s'agit de notre topic quotidien, avec plus de 16 000 messages depuis 2004, où chacun est bienvenu, même les plieurs d'autres équipes, même les non-plieurs...) INFO : Pour poster sur le forum, si ce n'est pas déjà fait, il vaudrait mieux préalablement vous inscrire, ici : créer un compte. 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