Je ne suis pas tout à fait d'accord !
Beaucoup de logiciel ont une cle dans la base de registre qui n'est pas necessaire à leur bon fonctionnement... ex : acdsee, ou pas mal de jeux...
Pour certain programmes, dans le repertoire ou il sont installés on trouve souvent un truc du genre setupreg qui permet de remettre à jour la base de registre.
CONCLUSION :
Le plus simple dans ton cas c'est de reinstaller windows par dessus.
(boot sur cd ou sur disk et install sans rien effacer dans le rep windows)
tu gagneras du temps !
Dans tout les cas grave tes données !