Folding : le topic

[Laubean]

Moi je fais 2 Tinker en meme temps là, à 9-10mn la frame, ca va mettre 2j et demi!!!

 

Tesgaz, tu mets combien de temps avec ton barton par Frame?

[NIKOSIX]

[06:13:30] Finished a frame (110)

[06:21:31] Finished a frame (111)

[06:29:32] Finished a frame (112)

[06:37:34] Finished a frame (113)

[06:45:35] Finished a frame (114)

[06:53:36] Finished a frame (115)

[07:01:49] Finished a frame (116)

 

c'est bizarre, moi qui ais un cpu pas trop puissant ( athlon 1800+ à 1700 Mhz) je met que 8 min.

[Laubean]

Moi avec un PIV 2.6@2.8 je mets pareil.....space....

[Invité tesgaz]

salut,

 

je mets 6,50 mn par frame

[Laubean]

Ben mert, ca vient d'ou alors?

[Greywolf]

la comparaison du temps de calcul /frame, à mon sens, ne rime à rien excepté si vous foldez la même protéine dans les mêmes conditions expérimentales (mais ça m'étonnerait).

 

Une petite protéine nécessite moins de temps de calcul qu'une grosse. Les paramètres étudiés peuvent également faire varier ce temps de calcul.

 

Je pense donc qu'il faut arrêter de jouer à kikicé ki l'a la pluslongue ? :-pPpP

Modifié le 18 juin 2004 par Greywolf

[Laubean]

Non non mais la on parlait de Tinker (enfin il me semble!)

[Greywolf]

Tinker c'est un soft de modélisation moléculaire (comme gromacs). Le choix d'utiliser l'un ou l'autre pour la/les protéines à folder dépendent du résultat recherché. Je maintiens donc ce que je dis

 

http://dasher.wustl.edu/tinker/summary.html

[Invité tesgaz]

d'autant plus que ca depend aussi du nombre de services et programmes en fonction sur l'OS

 

enfin, 7 mn, c'est mieux que 4heures pour faire une frame

[Laubean]

Ok, bon ben j'ai la plus longue alors hehe