Folding : le topic

[OlivierZ]

Au secours ! Après DK, R_34 : je suis cerné par the Mad Competitors

 

Dans un esprit qui je vous l'assure n'a rien à voir , je suis en train de faire un test linux : un première pour moi.

Eh bien après très peu d'errements, ça marche !

Comme il est tard, je n'ai installé qu'une VM, la seconde sera pour demain (ce soir).

 

Grand merci à toi Cobra pour ton tutorial hyper clair

 

Juste un souci avec FahMon sous Linux. L'install ne marche pas. Il proteste à la fin de la compilation : "configure: error: C++ compiler cannot create executables". Là je suis un peu comme DK face aux discussions de matos

L'un de vous connaît-il la solution ?

(sans doute aucun rapport mais j'ai installé tous les packages libcurlxxx que j'ai trouvés, sans effet sur ce problème).

 

Et question mieure : l'install des vmware tools n'a pas eu d'effet sur la résolution de la fenêtre linux malgré le choi que j'ai fai : redémarrage linux ou de vm sever nécessaire ?

[Cobra]

tous les gens

 

Olivier, as-tu fais toutes les mises à jour et redémarrer l'ordi avant d'installer fahmon et vmware tools ? Et pareillement pour le partage du fichier folding, tu dois redémarrer la session et éventuellement recocher la case.

 

Concernant vmware tools, tout à la fin, on te demande de choisir ta résolution d'écran, je te conseille de prendre 11 qui est 800x600 car au-dessous, si c'est trop petit, tu auras des soucis. Sinon, la vrai différence et elle est d'importance, c'est que lorsque tu supends la vm et que tu la redémarres, tu as la mise à jour de l'heure, sinon ça repart avec un décalage. Donc si tu suspends et quelques minutes plus tard tu relances et que tu vois que l'heure est correcte, c'est que ça baigne.

 

Bonne journée à tous

 

Edité : oui, le redémarrage est nécessaire pour vmware tools mais normalement ça le fait tout seul (de mémoire).

Modifié le 26 août 2009 par Cobra

[darwizardX]

bonsoir tout le monde depuis un bout je voie ceci folding home mais j'ai bien beau lire je n'Arrive toujours pas a comprend exactement quoi que ca sert!!!!

 

moi pour l'instant ce que j'ai compris sais que nous donnons un % de notre pc a folding home pour des recherches ???? vous voyer bien que je n'est rien compris

 

pouvez vous l'expliqué en plus simplifié cest quoi??? je vous remercie d'avance

 

(si cest possible un petit P.V pour etre sur que je voie la réponse

Modifié le 26 août 2009 par darwizardX

[Cobra]

Salut darwizardX, c'est bien de venir nous faire un petit coucou

 

Tu peux mettre la puissance inutilisée de ton pc au service d'une noble cause qui est la recherche médicale. La cartographie du génome est terminée, maintenant c'est son prolongement, la simulation des protéines, celles-là mêmes qui a fait dire à quelqu'un que nous ne sommes finalement qu'un "tas de protéines", étant donné qu'elles sont partout dans notre corps et que ce sont elles qui sont à l'origine des fonctions principales.

 

Pas le temps, là, d'expliquer davantage, alors clique sur ma signature blog et tu auras toutes les réponses à tes questions.

 

Et si tu nous dis quelle est ta config (processeur, OS), on pourrait te conseiller pour au moins un essai.

 

A bientôt ?

 

Bonne journée à toi

Modifié le 26 août 2009 par Cobra

[OlivierZ]

Salut Cobra,

 

J'ai trouvé pour la résolution (je pensais que vmwaretools la changeait selon le choix. J'ai dû la changer moi-même dans les préférences systèmes et ça marche.

 

Pour fahmon, l'install a été jusqu'au bout après install des paquets g++ et make.

Classique, j'avais sauté un paragraphe de ton tuto par mégarde...

Modifié le 26 août 2009 par OlivierZ

[OlivierZ]

Bon, je dois être un peu obtus...

 

Je n'arrive pas à voir le répertoire partagé folding sous la VM depuis windows (pour récupérer l'avancement dans fahmon windows).

J'ai partagé le répertoire dans linux (pas d'autorisation de modif, pas d'accès d'évaluation).

Qu'ai-je loupé ?

[Cobra]

 

Tu seras peut-être le premier zébu à faire une bigadv

 

Il y a une news sur fah-addict : http://fr.fah-addict.net/news/news.php?id=29

 

et un topic dédié : http://fr.fah-addict.net/forum/topic-15+co...r-wu-bidadv.php

 

Concernant le partage de folding de la vm, tu dois d'abord faire clic droit sur le dossier folding et sélectionner "options de partage", tu coches la case et tu acceptes et là linux doit télécharger les mises à jour de partage (faudra mettre le mot de passe). Quant c'est fini, on te demande de redémarrer mais la case s'est décochée, il faut donc la recocher et redémarrer la session.

 

Ensuite sous windows, il faut lancer la recherche dans les favoris et normalement, windows doit voir ton dossier linux dans mshome ou workgroup. Il faut l'ouvrir pour que windows refuse et te présente la boîte pour mettre le mot de passe à retenir définitivement. Le dossier s'ouvre et tu sais maintenant que fahmon va le voir lui aussi.

 

Bon, j'avoue que parfois il y a des mystère inexpliqué. J'en ai une que je n'arrive pas à voir

[Marc-93]

Salut a tous

 

Cobra si tu passe dans le coin "AU SECOUR" ca marche plus !

et vu mon niveau en XP, vista et Cie avec la vm linux on en parle pas!!!

j'ose plus toucher a rien

la WU terminée est partie normalement avec le "thank you" habituel

c'est arrivé d'un coup au chargement d'une nouvelle WU ca m'indique le log suivant

Si une solution est envisageable sans tout démolir, elle est la bien venue

(j'ai bien mis 3 jours pour installer ca la premiere fois) et depuis 69 WUs tout se passait bien

 

Y a un Truc ?

 

 

 

marc@Marc-93:~$ cd ~/folding
marc@Marc-93:~/folding$ ./fah6

Note: Please read the license agreement (fah6 -license). Further 
use of this software requires that you have read and accepted this agreement.

2 cores detected


--- Opening Log file [August 26 09:12:00 UTC] 


# Linux SMP Console Edition ###################################################
###############################################################################

                      Folding@Home Client Version 6.24beta

                         [url="http://folding.stanford.edu"]http://folding.stanford.edu[/url]

###############################################################################
###############################################################################

Launch directory: /home/marc/folding
Executable: ./fah6
Arguments: -smp -verbosity 9 

[09:12:00] - Ask before connecting: No
[09:12:00] - User name: [Zebulon.fr]_Marc-93 (Team 51)
[09:12:00] - User ID: 5BCDCDB54365D4CB
[09:12:00] - Machine ID: 2
[09:12:00] 
[09:12:00] Loaded queue successfully.
[09:12:00] - Autosending finished units... [August 26 09:12:00 UTC]
[09:12:00] Trying to send all finished work units
[09:12:00] + No unsent completed units remaining.
[09:12:00] - Autosend completed
[09:12:00] 
[09:12:00] + Processing work unit
[09:12:00] At least 4 processors must be requested.Core required: FahCore_a2.exe
[09:12:00] Core found.
[09:12:00] Working on queue slot 01 [August 26 09:12:00 UTC]
[09:12:00] + Working ...
[09:12:00] - Calling './mpiexec -np 4 -host 127.0.0.1 ./FahCore_a2.exe -dir work/ -suffix 01 -checkpoint 15 -verbose -lifeline 6894 -version 624'

[09:12:00] 
[09:12:00] *------------------------------*
[09:12:00] Folding@Home Gromacs SMP Core
[09:12:00] Version 2.07 (Sun Apr 19 14:51:09 PDT 2009)
[09:12:00] 
[09:12:00] Preparing to commence simulation
[09:12:00] - Ensuring status. Please wait.
[09:12:10] - Looking at optimizations...
[09:12:10] - Working with standard loops on this execution.
[09:12:10] - Files status OK
[09:12:12] - Expanded 1505181 -> 24019629 (decompressed 1595.7 percent)
[09:12:12] Called DecompressByteArray: compressed_data_size=1505181 data_size=24019629, decompressed_data_size=24019629 diff=0
[09:12:12] - Digital signature verified
[09:12:12] 
[09:12:12] Project: 2677 (Run 3, Clone 57, Gen 29)
[09:12:12] 
[09:12:12] Entering M.D.
NNODES=4, MYRANK=1, HOSTNAME=Marc-93
NNODES=4, MYRANK=3, HOSTNAME=Marc-93
NNODES=4, MYRANK=2, HOSTNAME=Marc-93
NNODES=4, MYRANK=0, HOSTNAME=Marc-93
NODEID=3 argc=20
NODEID=2 argc=20
NODEID=1 argc=20
NODEID=0 argc=20
  G  R  O  M  A  C  S  (-:

                  Groningen Machine for Chemical Simulation

  VERSION 4.0.99_development_20090307  (-:


     Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.
      Copyright © 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
            Copyright © 2001-2008, The GROMACS development team,
           check out [url="http://www.gromacs.org"]http://www.gromacs.org[/url] for more information.


  mdrun  (-:

Reading file work/wudata_01.tpr, VERSION 3.3.99_development_20070618 (single precision)
Note: tpx file_version 48, software version 64

NOTE: The tpr file used for this simulation is in an old format, for less memory usage and possibly more performance create a new tpr file with an up to date version of grompp

Making 1D domain decomposition 1 x 1 x 4
starting mdrun 'IBX in water'
7500000 steps,  15000.0 ps (continuing from step 7250000,  14500.0 ps).

-------------------------------------------------------
Program mdrun, VERSION 4.0.99_development_20090307
Source code file: nsgrid.c, line: 357

Range checking error:
Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid
based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter
errors that give particles very high velocities you might end up with some
coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot
put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.
Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential
energy seems reasonable before trying again.

Variable ci has value -2147483269. It should have been within [ 0 .. 9464 ]

For more information and tips for trouble shooting please check the GROMACS Wiki at
[url="http://wiki.gromacs.org/index.php/Errors"]http://wiki.gromacs.org/index.php/Errors[/url]
-------------------------------------------------------

Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day

Error on node 0, will try to stop all the nodes
Halting parallel program mdrun on CPU 0 out of 4

gcq#0: Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day

[cli_0]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, -1) - process 0

-------------------------------------------------------
Program mdrun, VERSION 4.0.99_development_20090307
Source code file: nsgrid.c, line: 357

Range checking error:
Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid
based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter
errors that give particles very high velocities you might end up with some
coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot
put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.
Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential
energy seems reasonable before trying again.

Variable ci has value -2147483611. It should have been within [ 0 .. 256 ]

For more information and tips for trouble shooting please check the GROMACS Wiki at
[url="http://wiki.gromacs.org/index.php/Errors"]http://wiki.gromacs.org/index.php/Errors[/url]
-------------------------------------------------------

Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day

Error on node 3, will try to stop all the nodes
Halting parallel program mdrun on CPU 3 out of 4

gcq#0: Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day

[cli_3]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, -1) - process 3

[Cobra]

Salut, Marc, toi aussi tu t'es mis à la VM ? Finalement j'ai réussi à en vendre quelques unes

 

Pour ce qui t'arrive, il n'y a pas lieu de s'inquiéter, j'en ai eu une comme la tienne hier. Il s'agit, en général, de wu beuguée.

 

Donc, tu fermes le client, puis tu ouvres le dossier folding, tu supprimes les deux dossiers "work" et "queue" et tu relances le client avec ./fah6 -config (n'oublie pas le -config). Puis dans la configuration, tu dis "yes" pour les options et tu changes tout simplement le n° ID Machine. Tu obtiens une autre unité et ça roule.

 

 

PS : en ce moment, il circule pas mal de wu smp linux qui tourne sur un seul core, il faut aussi faire attention à ça. On le reconnaît lorsque le calcul n'avance plus et si on ouvre le "moniteur système" on voit bien qu'il n'y a qu'un core qui tourne.

[Marc-93]

 

Yeeess !!!! Ca marche !!!!

j'avais deja enlevé les dossiers "work" et "queue", j'ai lu ca qq part mais sans changer l'ID

c'est reparti !! si je pouvais mettre la VM sur la charrue ce serai top mais il en veux pas.

 

Merci a toi, et une p'tite pinte pour la peine