Concernant la codification d'un export/import, c'est un peu surprenant.
Néanmoins, puisqu'il s'agit d'un fichier CSV, c'est donc du texte, et il peut être ouvert avec un éditeur de texte.
Or NotePad++ est un éditeur de texte (gratuit) qui possède des fonctions d'encodage. Ouvrir le fichier CSV avec NotePad++, puis choisir Encodage > Convertir en ANSI, puis sauvegarder le fichier et refaire l'import dans Thunderbird.