La difference, a ton niveau, ne va pas jouer beaucoup, en deux mots en NTFS c'est plus lent en ecrituyre car il y a une indexation des fichiers, de plus une securité accrue surles fichiers, mais inconvenient, si tu as un plantage necessitant une intervention sous DOs, tu dois utiliser un programe tel que NTFSTODOs pour lire les fichiers.
Donc, encore une fois, le FAT 32 doit t'etre plus approprié.