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[Zebteam Folding@home]

 

Folding@home : contribuer de chez soi à un projet scientifique essentiel ! 
Folding@home est un projet de calcul distribué à caractère biomédical, dont le but est d'étudier le processus de repliement des protéines en vue d'établir leur conformation finale.

Initié en 2000 par le Pr. Vijay Pande du département de chimie de l'Université Stanford (Californie), le projet est actuellement est dirigé par le biophysicien informaticien Greg Bowman, docteur et professeur associé de biochimie et de biophysique moléculaire à l'école de médecine de l'Université Washington à Saint-Louis (Missouri).
Il est déployé et maintenu par le Folding@home Consortium, une structure pluridisciplinaire à but non lucratif regroupant des universités de divers pays (dont USA, Hong-Kong, Suède, Croatie, ...) qui garantit aux scientifiques du monde entier l'accès aux résultats des calculs.
En grande partie financé par les National Institutes of Health (NIH) et la National Science Foundation (NSF) des USA, il est (ou a été) également soutenu, financièrement et techniquement, par des entités privées réputées dont Google (barre d'outils), Sony (PS3), Apple, Intel, ATI, Nvidia (CUDA), Dell, etc.

 

☆ Un peu de biologie moléculaire : pourquoi ce processus de repliement (= folding) est-il si important ?
« En tant qu'éléments structurels, les protéines sont les principaux composants de nos os, de nos muscles, de nos cheveux, de notre peau et de nos vaisseaux sanguins. En tant qu'anticorps, elles reconnaissent les éléments intrus et permettent au système immunitaire de se débarrasser des indésirables. » source : Folding@home, Pande Group.
Les protéines sont les constituants essentiels de toute cellule vivante, et elles contiennent les précieux acides aminés qui doivent se relier entre eux pour acquérir leur fonction immunitaire : c'est le « repliement » des protéines.
L'état actuel des connaissances montre que leur transformation, en particulier l'accumulation de protéines mal repliées, est impliquée dans le processus de nombreuses maladies, neurodégénératives telles que les maladies d'Alzheimer, de Parkinson, de Huntington et la SLA, ou virales telles que l'hépatite C, la grippe, le HIV, la dengue, Ebola, Zika et bien d'autres(*), ainsi que dans de très nombreux cancers (dérégulation des protéines kinases), et plus encore : diabète de type II, sclérose en plaques, ostéogenèse imparfaite, maladie de Creutzfeldt-Jakob, encéphalopathie spongiforme bovine, fibrose cystique, drépanocytose, etc.
(*) edit mars 2020 : dont la maladie à coronavirus covid-19.
Folding@home accentue actuellement ses efforts sur l'identification de cibles pour un anticorps thérapeutique contre le virus SARS-CoV-2.

Il est donc très important pour les chercheurs d'identifier toutes les formes que chaque protéine peut prendre en se repliant, afin d'en déterminer le caractère inoffensif ou pathogène (= normal ou anormal), car seule une cartographie extrêmement précise du repliement de toutes les protéines permettra de développer de futurs médicaments pour faire reculer les terribles maladies. Résoudre le plus rapidement possible le mystère du repliement des protéines est donc vital, pour nous-mêmes et pour nos enfants !

Vous voulez en apprendre davantage sur le rôle capital que jouent les protéines dans notre organisme, sur l'objectif et les enjeux du projet Folding@home ?
Visitez le site officiel du projet :  foldingathome.org ainsi que celui de l'Alliance Francophone : www.alliancefrancophone.org dont notre équipe fait partie.

 

☆ Le calcul distribué (= distributed computing) : kézako ?
Le repliement des protéines étant trop rapide pour être observé in vivo, une équipe de chercheurs animée par le Pr. Vijay Pande au sein du Pande Lab, a décidé d'avoir recours à la simulation informatique pour l'étudier. Hélas, ces simulations extrêmement complexes nécessitent une énorme puissance de calcul, qui représente un investissement financier absolument irréalisable pour des labos de recherche universitaires.
Afin d'obtenir toute la puissance de traitement nécessaire à un avancement rapide de la recherche, Folding@home fait appel, dans le monde entier, à tout possesseur d'un ou plusieurs ordinateurs personnels connectés à internet, pour qu'il offre au projet la puissance inutilisée de ses machines : c'est à la maison (= at home) que seront calculées les étapes de la simulation !

Le calcul distribué, c'est tout simplement le découpage d'un calcul extrêmement complexe et long en milliers d'unités indépendantes, unités dont le traitement est confié à une multitude d'ordinateurs bénévoles.

En effet, sur un plan statistique, on constate que près de 95% de la puissance des ordinateurs personnels est inemployée. En clair : votre ordinateur s'ennuie, puisqu'il passe presque tout son temps à attendre que vous lui fassiez exécuter une tâche, laquelle ne requiert que rarement la totalité de ses ressources !
Là où la technologie Folding@home excelle, c'est qu'une fois que vous aurez installé son logiciel client, il ne prélèvera que la puissance inutilisée de votre ordinateur : le calcul prendra 100 % des ressources pendant que vous ne vous servirez pas de votre ordinateur et, cas extrême, pratiquement 0 % si vous le sollicitez énormément par ailleurs.
Vous hésitez ? Sachez que le logiciel client travaillera en priorité basse : dans vos tâches quotidiennes, vous ne vous rendrez pratiquement pas compte du calcul effectué en arrière-plan, dont le traitement s'adaptera constamment aux ressources disponibles de votre machine... et de plus vous aurez gagné un excellent chauffage !

 

☆ Un challenge pour votre bécane !
Afin d'attirer et de fidéliser les participants, le staff de Folding@home a instauré un système de rétribution : chaque unité de travail (= wu) rendue rapporte un certain nombre de points au donateur. Et pour susciter et entretenir l'esprit de compétition, un classement est établi avec ces points. Le classement est individuel mais il est également tenu à jour par équipes (= teams) : suivre l'évolution de son classement et de sa production est (très) stimulant !
Vous aimez jouer à kikalaplusgrosse ? Rejoignez-nous !

 

☆ Chacun peut contribuer à l'avancée de la science : vous aussi !!
Sachez aussi que tous les résultats bruts des simulations étudiées par les chercheurs de Folding@home sont gratuitement mis à la disposition de la communauté scientifique : depuis 2001, les données de simulation ont permis de publier plus de 200 articles dans des revues scientifiques, et les résultats expérimentaux engagés concordent avec les simulations informatiques.
À vocation scientifique universelle, humanitaire et altruiste, le projet Folding@home connaît un immense succès, avec plus d'un million de contributeurs. Actuellement, toute cette puissance permet aux chercheurs de Folding@home faire des simulations d'une complexité inégalée et plusieurs milliers de fois plus longues qu'aux débuts du projet.
En mars 2020, bénéficiant d'une mobilisation massive liée à la pandémie covid-19, le projet devient la plus grosse puissance de calcul de l'histoire, en dépassant le seuil symbolique de l'exaFlop ! En avril, cette puissance de calcul devance celle des 500 meilleurs supercalculateurs du monde réunis, et le réseau Folding@home fédère à ce jour plus de 2,5 millions d'ordinateurs bénévoles dans le monde entier.
Depuis le début de la crise sanitaire mondiale, de très nombreuses simulations portent sur les protéines du virus SARS-CoV-2, afin de comprendre comment elles se lient aux cellules humaines, et où cibler de potentielles thérapies.

Aucun doute, vous aussi pouvez contribuer aux avancées de la recherche médicale !!
Toute participation, même la plus humble, est utile : « les petits ruisseaux font les grandes rivières » ...

Pour finir de vous convaincre, voici des vidéos édifiantes :
(un simple petit clic sur chaque miniature, quelques minutes à peine) :
 

La version STFR s'active en cliquant en bas à droite de la vidéo, d'abord sur Sous-titres, puis sur Paramètres → Sous-titres → Traduire automatiquement → Français

 

☆ Ça y est, vous avez décidé d'apporter votre pierre à ce noble édifice, et vous vous demandez par où commencer ?
C'est très simple : pour participer, il suffit de télécharger sur le site officiel un logiciel appelé client qui, une fois installé et configuré, va appeler un serveur de Folding@home pour charger une unité de travail, effectuer les calculs nécessaires, renvoyer les résultats au serveur, puis charger une nouvelle unité... et ainsi de suite. Tout cela automatiquement et aussi longtemps que vous souhaiterez contribuer au projet.
Vous trouverez ci-dessous des liens pour toutes les informations en français sur le téléchargement, l'installation et la configuration de ce client.

 

La zebteam : l'équipe Zebulon.fr 
Depuis juin 2004, sous l'impulsion de TheClem et Davy, les membres de Zebulon.fr motivés par le projet Folding@home se sont associés pour y participer : ils contribuent au sein de la team 51 qui est celle de l'Alliance Francophone, dans laquelle ils constituent une mini-team et se reconnaissent à leur pseudo de plieur commençant par [Zebulon.fr]_ .
En 2017, la zebteam a créé sur le forum le compte collaboratif Zebteam Folding@home : il est désormais l'unique auteur de toutes les publications collectives, en particulier des tutos et coups de pouce proposés par nos foldingueurs.
De plus l'un de nos membres, Kana-chan, a pris la relève de JGP Soldat pour produire quotidiennement les statistiques des mini-teams de l'Alliance Francophone et de l'ensemble de ses membres.

Voici la liste de nos principaux topics :
les tutos + les coups de pouce : nos tutos (téléchargement, installation et configuration du client) et toutes nos p'tites astuces pour le folding  
les stats : la gestion des statistiques de l'Alliance par Kana-chan
l'actu de la zebteam : la présentation de la zebteam et (!) les résumés des nos évènements folding
la galerie de la zebteam : là où nos zebplieurs se racontent... et dévoilent leurs bécanes
le bazar à Zézette : où nous nous séparons de matos d'occaz convenant au folding
le topic    ← N'hésitez pas à nous y rejoindre, le bar est toujours ouvert ! (il s'agit de notre topic quotidien, avec plus de 16 000 messages depuis 2004, où chacun est bienvenu, même les plieurs d'autres équipes, même les non-plieurs...)


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▼ modifications

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2020
DK 15/04 : ouverture du topic après la création de la section dédiée
DK 18/04 : copie du contenu du premier post de l'ancien topic folding : crédits à Cobra (contenu 2009-2017) et Ju' (contenu 2018-2020), ainsi qu'à JWhy de l'AF et wikipedia pour les divers emprunts...
DK 20/04 : actualisation du contenu + màj suite réorganisation des topics folding + insertion covid-19
DK 25/10 : insertion vidéo covid

Modifié le 1 décembre 2021 par Zebteam Folding@home