Folding : le topic

[facks]

Voila mon ma petite contribution :

[Zebulon.fr_Nicolas]

Bonjour

 

 

Après une longue succession de Wus pliées vite et bien payées la magie est rompue et les wus à moins de 100ppd sont de retour.

 

Autant garder un bon souvenir de ce moment en s'amusant, c'est le moment de saisir au vol ce tableau avec une fugitive apparition de nicolas au top 100 de l'alliance (sans trucage mais les bizarreries des stats ont bien aidé) :

A Ange-nicolas car c'est quand même grâce à sa production soutenue que cette pointe a été possible

Et une petite tournée pour les places acquises par Olivier, Bull et DK et la nouvelle étape de Facks.

Bravo Bobpilou qui relance aussitôt, il y a toujours un petit numéro à gagner occupé par dapo endormi (ou redoubler Bull).

 

Un petit toast aussi à Atoucas. Je ne sais plus exactement où j'en suis mes points sont noyés dans le fleuve du smp mais tu devrais me dépasser si je ne m'étais pas envolé sous l'aile d'Ange-nicolas.

A tous bon pliage et bel été

C'est une bonne idée DK de faire un topic séparé pour la Gazette de Folding@home et qui recense des news sur tout Zebulon. (+1 pour Olivier et le lien dans le petit journal ici le jour de la parution).

 

>Le post2"Index" rappelle le post2"Index" sur l'autre Topic : s'ils n'ont pas la même fonction ok mais tu peux aussi le transférer et mettre des liens croisés avec l'"accueil" (parait que c'est bon pour le référencement)

Modifié le 11 juillet 2009 par Zebulon.fr_Nicolas

[OlivierZ]

1) t'as un i7 et donc là c'est normal le SMP windows ne fonctionne que sur 4 core max, dans ce cas si tu veux voir 100% tu dois désactiver l'hyper. le client ne ralentira pas si tu mets un deuxiemme SMP tu feras plus de points , si c'est pas un i7 instales aussi smpaffinity changer.

Bull, pas sûr d'avoir compris ton message.

Avec un i7, on peut garder l'hyperthreading et, sous windows, charger 2 clients smp. C'est ce que je fais et cela marche très bien.

 

Je n'ai pas fait le test comparatif avec un seul client smp et HT désactivé pour savoir quel paramétrage est le plus performant. Mais pour d'autres tâches (montage video et réencodage par exemple), l'hyperthreading me semble apporter un gain de puissance.

Modifié le 11 juillet 2009 par OlivierZ

[Bull45]

Bull, pas sûr d'avoir compris ton message.

Normal il t'était pas adressé c'est juste des exemple pour avoir que 50% d'occupé par le CPU, pour justifier la demande du FahLog

Puisque tu abordes le sujet , moi sur un i7 et 2 carte graphique je mettrais 3 VM linux et un SMP Windows plus les 2 GPU sous windows aussi Tu vas exploser ton score

 

[korentin]

Le log pourrait nous aiguiller vers une réponce plus correcte

 

Edit: Il existe plusieurs possibilités:

1) t'as un i7 et donc là c'est normal le SMP windows ne fonctionne que sur 4 core max, dans ce cas si tu veux voir 100% tu dois désactiver l'hyper. le client ne ralentira pas si tu mets un deuxiemme SMP tu feras plus de points , si c'est pas un i7 instales aussi smpaffinity changer.

2) sur Windows 64 bit le DEINO ne fonctionne pas, c'est exclusif 32 bit.....

 

le voilou

 

--- Opening Log file [July 10 19:55:16 UTC] 


# Windows SMP Console Edition #################################################
###############################################################################

                      Folding@Home Client Version 6.24R3

                         [url="http://folding.stanford.edu"]http://folding.stanford.edu[/url]

###############################################################################
###############################################################################

Launch directory: D:\smp deino
Executable: D:\smp deino\[email protected]
Arguments: -smp -deino 

[19:55:16] - Ask before connecting: No
[19:55:16] - User name: [Zebulon.fr]_Korentin (Team 51)
[19:55:16] - User ID: 263DDE6576961DA9
[19:55:16] - Machine ID: 1
[19:55:16] 
[19:55:16] Work directory not found. Creating...
[19:55:16] Could not open work queue, generating new queue...
[19:55:16] - Preparing to get new work unit...
[19:55:16] Cleaning up work directory
[19:55:16] + Attempting to get work packet
[19:55:16] - Connecting to assignment server
[19:55:17] - Successful: assigned to (171.64.65.64).
[19:55:17] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[19:55:17] Loaded queue successfully.
[19:56:05] + Closed connections
[19:56:05] 
[19:56:05] + Processing work unit
[19:56:05] Work type a1 not eligible for variable processors
[19:56:05] Core required: FahCore_a1.exe
[19:56:05] Core found.
[19:56:05] Working on queue slot 01 [July 10 19:56:05 UTC]
[19:56:05] + Working ...
[19:56:06] 
[19:56:06] *------------------------------*
[19:56:06] Folding@Home Gromacs SMP Core
[19:56:06] Version 1.74 (March 10, 2007)
[19:56:06] 
[19:56:06] Preparing to commence simulation
[19:56:06] - Ensuring status. Please wait- Created dyn
[19:56:06] - Files status OK
[19:56:11] - Expanded 4771504 -> 24426905 (decompressed 511.9 percent)
[19:56:11] - Starting from initial work packet
[19:56:11] 
[19:56:11] Project: 2665 (Run 0, Clone 353, Gen 130)
[19:56:11] 
[19:56:11] Assembly optimizations on if available.
[19:56:11] Entering M.D.
[19:56:34] l work packet
[19:56:34] 
[19:56:34] Project: 2665 (Run 0, Clone 353, Gen 130)
[19:56:34] 
[19:56:34] Entering M.D.
[19:56:43] CoreStatus = 63 (99)
[19:56:43] + Error starting Folding@Home core.
[19:56:48] 
[19:56:48] + Processing work unit
[19:56:48] Work type a1 not eligible for variable processors
[19:56:48] Core required: FahCore_a1.exe
[19:56:48] Core found.
[19:56:48] Working on queue slot 01 [July 10 19:56:48 UTC]
[19:56:48] + Working ...
[19:56:49] 
[19:56:49] *------------------------------*
[19:56:49] Folding@Home Gromacs SMP Core
[19:56:49] Version 1.74 (March 10, 2007)
[19:56:49] 
[19:56:49] Preparing to commence simulation
[19:56:49] - Ensuring status. Please wait.
[19:57:06] - Looking at optimizations...
[19:57:06] - Working with standard loops on this execution.
[19:57:06] - Previous termination of core was improper.
[19:57:06] - Going to use standard loops.
[19:57:06] - Files status OK
[19:57:19] - Expanded 4771504 -> 24426905 (decompressed 511.9 percent)
[19:57:19] - Starting from initial work packet
[19:57:19] 
[19:57:19] Project: 2665 (Run 0, Clone 353, Gen 130)
[19:57:19] 
[19:57:20] Entering M.D.
[19:57:31] CoreStatus = 63 (99)
[19:57:31] + Error starting Folding@Home core.
[19:57:36] 
[19:57:36] + Processing work unit
[19:57:36] Work type a1 not eligible for variable processors
[19:57:36] Core required: FahCore_a1.exe
[19:57:36] Core found.
[19:57:36] Working on queue slot 01 [July 10 19:57:36 UTC]
[19:57:36] + Working ...
[19:57:36] 
[19:57:36] *------------------------------*
[19:57:36] Folding@Home Gromacs SMP Core
[19:57:36] Version 1.74 (March 10, 2007)
[19:57:36] 
[19:57:36] Preparing to commence simulation
[19:57:36] - Ensuring status. Please wait.
[19:57:53] - Looking at optimizations...
[19:57:53] - Working with standard loops on this execution.
[19:57:53] - Previous termination of core was improper.
[19:57:53] - Going to use standard loops.
[19:57:53] - Files status OK
[19:58:07] - Expanded 4771504 -> 24426905 (decompressed 511.9 percent)
[19:58:07] - Starting from initial work packet
[19:58:07] 
[19:58:07] Project: 2665 (Run 0, Clone 353, Gen 130)
[19:58:07] 
[19:58:08] Entering M.D.
[19:58:18] CoreStatus = 63 (99)
[19:58:18] + Error starting Folding@Home core.
[19:58:18] - Attempting to download new core...
[19:58:18] + Downloading new core: FahCore_a1.exe
[19:58:19] + 10240 bytes downloaded
[19:58:20] + 20480 bytes downloaded
[19:58:20] + 30720 bytes downloaded
[19:58:20] + 40960 bytes downloaded
[19:58:20] + 51200 bytes downloaded
[19:58:20] + 61440 bytes downloaded
[19:58:20] + 71680 bytes downloaded
[19:58:20] + 81920 bytes downloaded
[19:58:20] + 92160 bytes downloaded
[19:58:20] + 102400 bytes downloaded
[19:58:21] + 112640 bytes downloaded
[19:58:21] + 122880 bytes downloaded
[19:58:21] + 133120 bytes downloaded
[19:58:21] + 143360 bytes downloaded
[19:58:21] + 153600 bytes downloaded
[19:58:21] + 163840 bytes downloaded
[19:58:21] + 174080 bytes downloaded
[19:58:21] + 184320 bytes downloaded
[19:58:21] + 194560 bytes downloaded
[19:58:21] + 204800 bytes downloaded
[19:58:21] + 215040 bytes downloaded
[19:58:21] + 225280 bytes downloaded
[19:58:21] + 235520 bytes downloaded
[19:58:21] + 245760 bytes downloaded
[19:58:22] + 256000 bytes downloaded
[19:58:22] + 266240 bytes downloaded
[19:58:22] + 276480 bytes downloaded
[19:58:22] + 286720 bytes downloaded
[19:58:22] + 296960 bytes downloaded
[19:58:22] + 307200 bytes downloaded
[19:58:22] + 317440 bytes downloaded
[19:58:22] + 327680 bytes downloaded
[19:58:22] + 337920 bytes downloaded
[19:58:22] + 348160 bytes downloaded
[19:58:22] + 358400 bytes downloaded
[19:58:22] + 368640 bytes downloaded
[19:58:22] + 378880 bytes downloaded
[19:58:22] + 389120 bytes downloaded
[19:58:22] + 399360 bytes downloaded
[19:58:22] + 409600 bytes downloaded
[19:58:22] + 419840 bytes downloaded
[19:58:22] + 430080 bytes downloaded
[19:58:23] + 440320 bytes downloaded
[19:58:23] + 450560 bytes downloaded
[19:58:23] + 460800 bytes downloaded
[19:58:23] + 471040 bytes downloaded
[19:58:23] + 481280 bytes downloaded
[19:58:23] + 491520 bytes downloaded
[19:58:23] + 501760 bytes downloaded
[19:58:23] + 512000 bytes downloaded
[19:58:23] + 522240 bytes downloaded
[19:58:23] + 532480 bytes downloaded
[19:58:23] + 542720 bytes downloaded
[19:58:23] + 552960 bytes downloaded
[19:58:23] + 563200 bytes downloaded
[19:58:23] + 573440 bytes downloaded
[19:58:23] + 583680 bytes downloaded
[19:58:23] + 593920 bytes downloaded
[19:58:23] + 604160 bytes downloaded
[19:58:23] + 614400 bytes downloaded
[19:58:23] + 624640 bytes downloaded
[19:58:23] + 634880 bytes downloaded
[19:58:24] + 645120 bytes downloaded
[19:58:24] + 655360 bytes downloaded
[19:58:24] + 665600 bytes downloaded
[19:58:24] + 675840 bytes downloaded
[19:58:24] + 686080 bytes downloaded
[19:58:24] + 696320 bytes downloaded
[19:58:24] + 706560 bytes downloaded
[19:58:24] + 716800 bytes downloaded
[19:58:24] + 727040 bytes downloaded
[19:58:24] + 737280 bytes downloaded
[19:58:24] + 747520 bytes downloaded
[19:58:24] + 757760 bytes downloaded
[19:58:24] + 768000 bytes downloaded
[19:58:24] + 778240 bytes downloaded
[19:58:24] + 788480 bytes downloaded
[19:58:25] + 795847 bytes downloaded
[19:58:25] Verifying core Core_a1.fah...
[19:58:25] Signature is VALID
[19:58:25] 
[19:58:25] Trying to unzip core FahCore_a1.exe
[19:58:25] Decompressed FahCore_a1.exe (2117632 bytes) successfully
[19:58:30] + Core successfully engaged
[19:58:35] 
[19:58:35] + Processing work unit
[19:58:35] Work type a1 not eligible for variable processors
[19:58:35] Core required: FahCore_a1.exe
[19:58:35] Core found.
[19:58:35] Working on queue slot 01 [July 10 19:58:35 UTC]
[19:58:35] + Working ...
[19:58:35] 
[19:58:35] *------------------------------*
[19:58:35] Folding@Home Gromacs SMP Core
[19:58:35] Version 1.76 (February 23, 2008)
[19:58:35] 
[19:58:35] Preparing to commence simulation
[19:58:35] - Ensuring status. Please wait.
[19:58:52] - Looking at optimizations...
[19:58:52] - Working with standard loops on this execution.
[19:58:52] Examination of work files indicates 8 consecutive improper terminations of core.
[19:59:05] - Expanded 4771504 -> 24426905 (decompressed 511.9 percent)
[19:59:05] - Starting from initial work packet
[19:59:05] 
[19:59:05] Project: 2665 (Run 0, Clone 353, Gen 130)
[19:59:05] 
[19:59:06] Entering M.D.
[19:59:15] Rejecting checkpoint
[19:59:16] Protein: HGG in water
[19:59:17] xtra SSE boost OK.
[19:59:17] 
[19:59:24] Extra SSE boost OK.
[19:59:24] Writing local files
[19:59:25] Completed 0 out of 250000 steps  (0 percent)
[20:13:23] Writing local files
[20:13:24] Completed 2500 out of 250000 steps  (1 percent)

Folding@Home Client Shutdown at user request.

Folding@Home Client Shutdown.



--- Opening Log file [July 11 14:05:41 UTC] 


# Windows SMP Console Edition #################################################
###############################################################################

                      Folding@Home Client Version 6.24R3

                         [url="http://folding.stanford.edu"]http://folding.stanford.edu[/url]

###############################################################################
###############################################################################

Launch directory: D:\smp deino
Executable: D:\smp deino\[email protected]
Arguments: -smp 

[14:05:42] - Ask before connecting: No
[14:05:42] - User name: [Zebulon.fr]_Korentin (Team 51)
[14:05:42] - User ID: 263DDE6576961DA9
[14:05:42] - Machine ID: 1
[14:05:42] 
[14:05:42] Loaded queue successfully.
[14:05:42] 
[14:05:42] + Processing work unit
[14:05:42] Work type a1 not eligible for variable processors
[14:05:42] Core required: FahCore_a1.exe
[14:05:42] Core found.
[14:05:42] Using generic mpiexec calls
[14:05:42] Working on queue slot 01 [July 11 14:05:42 UTC]
[14:05:42] + Working ...
[14:05:42] 
[14:05:42] *------------------------------*
[14:05:42] Folding@Home Gromacs SMP Core
[14:05:42] Version 1.76 (February 23, 2008)
[14:05:42] 
[14:05:42] Preparing to commence simulation
[14:05:42] - Ensuring status. Please wait.
[14:05:59] - Looking at optimizations...
[14:05:59] - Working with standard loops on this execution.
[14:06:00] Examination of work files indicates 8 consecutive improper terminations of core.
[14:06:13] - Expanded 4771504 -> 24426905 (decompressed 511.9 percent)
[14:06:15] 
[14:06:15] Project: 2665 (Run 0, Clone 353, Gen 130)
[14:06:15] 
[14:06:16] Entering M.D.
[14:06:38] Calling FAH init
[14:06:40] ater
[14:06:40] Writing local files
[14:06:40] rom checkpoint)
[14:06:40] Read checkpoint
[14:06:40] teps  (71 percent)
[14:06:40] er
[14:06:40] Writing local files
[14:06:40] Completed 177500 out of 250000 steps  (71 percent)
[14:06:46] Extra SSE boost OK.
[14:21:35] Writing local files
[14:21:35] Completed 180000 out of 250000 steps  (72 percent)
[14:36:24] Writing local files
[14:36:24] Completed 182500 out of 250000 steps  (73 percent)
[14:51:11] Writing local files
[14:51:11] Completed 185000 out of 250000 steps  (74 percent)
[15:05:59] Writing local files
[15:05:59] Completed 187500 out of 250000 steps  (75 percent)
[15:20:46] Writing local files
[15:20:47] Completed 190000 out of 250000 steps  (76 percent)
[15:38:19] Writing local files
[15:38:20] Completed 192500 out of 250000 steps  (77 percent)
[15:57:53] Writing local files
[15:57:53] Completed 195000 out of 250000 steps  (78 percent)
[16:14:02] Writing local files
[16:14:02] Completed 197500 out of 250000 steps  (79 percent)
[16:28:56] Writing local files
[16:28:56] Completed 200000 out of 250000 steps  (80 percent)
[16:43:48] Writing local files
[16:43:49] Completed 202500 out of 250000 steps  (81 percent)

 

alors : au départ, je suis reparti avec -smp -deino => 15mn pour 1%, 100% d'occupation CPU

puis je suis revenu à -smp seulement => 15mn pour 1%, 50% d'occupation CPU

 

j'ai tenté un second smp mais ça m'a tout fait planter (un pb de deino)

 

mon CPU est un Q9650, 4 cores mais pas d'HT.

[Bull45]

le voilou

 

--- Opening Log file [July 10 19:55:16 UTC]

 

 

# Windows SMP Console Edition #################################################

###############################################################################

 

Folding@Home Client Version 6.24R3

 

http://folding.stanford.edu

 

###############################################################################

###############################################################################

 

Launch directory: D:\smp deino

Executable: D:\smp deino\[email protected]

Arguments: -smp -deino

 

---snip---

 

[19:56:34] Entering M.D.

[19:56:43] CoreStatus = 63 (99)

[19:56:43] + Error starting Folding@Home core.

 

 

---- La c'est un problème de régistration MPI tu dois refaire l'instal.bat

 

-------

# Windows SMP Console Edition #################################################

###############################################################################

 

Folding@Home Client Version 6.24R3

 

http://folding.stanford.edu

 

###############################################################################

###############################################################################

 

Launch directory: D:\smp deino

Executable: D:\smp deino\[email protected]

Arguments: -smp

Il ne faut pas enlever l'argument DEINO à ce client si tu veux tester un MPICH tu dois faire une deuxiemme instalation dans un autre dossier, avec le MPICH

Le MPI installé pour la version DEINO ne fonctionne pas tout à fait comme le MPICH et sont pas compatible.

alors : au départ, je suis reparti avec -smp -deino => 15mn pour 1%, 100% d'occupation CPU

puis je suis revenu à -smp seulement => 15mn pour 1%, 50% d'occupation CPU

 

j'ai tenté un second smp mais ça m'a tout fait planter (un pb de deino)

 

mon CPU est un Q9650, 4 cores mais pas d'HT.

Si tu veux faire tourner 2 SMP DEINO pas de problème où 2 MPICH avec smpaffinitychanger(sinon aucun gain)

Faire tourner 2 SMP DEINO sans les flag -deino fait tout planter

 

J'espère que ça t'aide un peu , sinon continue a expliquer on tombera fatalement sur la bonne résolution

 

Edit: Les 2 SMP dans des répertoires différents ça vas de soi

Modifié le 11 juillet 2009 par Bull45

[korentin]

1- j'ai effectivement refait un install.bat puisque ma tentative de lancer un second smp deino a fait foirer le premier

2- toute ma question est justement : comment se fait il que ce smp (deino) fonctionne sans l'argument -deino et qu'il soit ainsi (sans deino) aussi performant tout en n'occupant que 50% du CPU

3- à moins que la désinstallation du mpich ne soit pas complète et ce serait donc un mpich (mais il reste encore la question des 50% de cpu)

4- sur cette même 2665, un smp mpich était un peu plus rapide (jusque 2100 ppd au lieu de 1900 mais il occupait 100% du cpu)

 

voici mon gestionnaire des taches

Modifié le 11 juillet 2009 par korentin

[Bull45]

1- j'ai effectivement refait un install.bat puisque ma tentative de lancer un second smp deino a fait foirer le premier

2- toute ma question est justement : comment se fait il que ce smp (deino) fonctionne sans l'argument -deino et qu'il soit ainsi (sans deino) aussi performant tout en n'occupant que 50% du CPU

3- à moins que la désinstallation du mpich ne soit pas complète et ce serait donc un mpich (mais il reste encore la question des 50% de cpu)

4- sur cette même 2665, un smp mpich était un peu plus rapide (jusque 2100 ppd au lieu de 1900 mais il occupait 100% du cpu)

1) ok

2) comme ça je vois pas surtout si les ppd restent correcte

3) t'es pas obligé de désinstaller MPICH du moment que tu utilise pas le même dossier, mais c'est biens une version deino qui est dans ta fenètre de processus, 4X core_a1 et 5 DeinoPM, un par core plus un pour coordiner les 4 autres, 50% CPU t'est sur de ta configuration :CPU idle 100% ?

4)Oui effectivement le Deino est un chouillat moins performant (normal il n'y a pas ces 5 Deino qui tournent) , mais le DEINO est plus stable et évite beaucoups de problèmes réseau.

 

[korentin]

3- ben a priori oui, je n'ai jamais changé cette option et si je fais un -configonly, il me remet bien 100 par défaut

voici mon fichier client

[settings]
username=[Zebulon.fr]_Korentin
team=51
passkey=
asknet=no
machineid=1
bigpackets=big
extra_parms=-smp

[http]
active=no
host=localhost
port=8080
usereg=no

[clienttype]
type=3

[core]
addr=

 

j'en suis à 90% on va vite voir si l'envoi se passe bien

[Bull45]

3- ben a priori oui, je n'ai jamais changé cette option et si je fais un -configonly, il me remet bien 100 par défaut

 

 

j'en suis à 90% on va vite voir si l'envoi se passe bien

il manque quelques lignes a ton fichier client et il y a des truques qui devrait pas y être...adr= Kézako d'ou ça sort ??

Tu devrais ptèt faire une instale dans un dossier vierge, tout neuf

Mon fichier client

[settings]
username=Bull45
team=51
asknet=no
bigpackets=big
machineid=1
local=223
passkey=xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
extra_parms= -smp -deino -verbosity 9 -advmethods

[http]
active=no
host=localhost
port=8080
usereg=no

[core]
checkpoint=3
nocpulock=0
[b]cpuusage=100[/b]

[clienttype]
type=3