Folding : le topic

[korentin]

Salut,

 

Mais quel genre de machine avez vous?

 

Je croyais ne pas être trop mal équipé. Je ne plie que depuis une semaine et j'ai déjà vu certaines molécules qui nécessitent 25 à 30 mn par frame. Quand je vois Olivier qui parle de 11mn pour "[...]une énorme double Gromac [...]"

Passons sur le PIV de la maison, à cause de l'hyperthreading la console n'occupe que 50% du proc. Mais ici j'ai qd même sous la main un PIV C à 3GHz, 1Go de RAM3200, pas très utilisé par mon travail du jour et il prend 18mn pour chaque frame de 10000 steps

[O.Fournier]

Ben, t'as une petite longue et j'ai une grosse courte ...

[korentin]

Ben, t'as une petite longue et j'ai une grosse courte ...

533841[/snapback]

 

Certes mais si elle frétille, tout va bien

 

 

La nouvelle, arrivée pdt la pause de midi ne va guère plus vite : 14mn pr 2500 steps sur 250000!

Là c'est une toute petite très TRES longue (heureusement que le WE va passer là dessus )

 

J'en suis pas encore à 100 000 points!!!!!!!!!

Modifié le 12 juillet 2005 par korentin

[ricou33]

 

Moi avec mon Duron j' ai mis une moyenne de 20h... mais c' est vrai que ça dépends de la sollicitation du cpu.

532893[/snapback]

En faite il y a un moment que j'ai pas eu de wu à 250 points (plus de 2 mois) et comme l'a dit le dragon, les points ne vont pas toujours avec les durées, ça dépend des périodes.

 

Certes mais si elle frétille, tout va bien

La nouvelle, arrivée pdt la pause de midi ne va guère plus vite : 14mn pr 2500 steps sur 250000! 

Là c'est une toute petite très TRES longue (heureusement que le WE va passer là dessus  )

 

J'en suis pas encore à 100 000 points!!!!!!!!!

533887[/snapback]

14 minutes et on se plaint, c'est la 4ème wu à la suite que je me fais à 40 minutes par frame (250 000 steps par frame), bon c'est vrai que quand c'est fini ça rapporte 600 points ça fait du bien.

 

 

Au faite Olivier, pour savoir combien de points va rapporter une wu c'est très simple, tu télécharges EMIII et si tu ne veux pas utiliser tout le programme qui n'est pas bien utile tu supprimes tous les fichiers sauf : EMcalc.exe et Emprotz.dat. Et tu découvriras un petit programme, tout léger, tout simple qui, en sélectionnant le numéro de la protéine, te donnera le nombre de frames et de points de la wu.

Modifié le 12 juillet 2005 par ricou33

[O.Fournier]

Merci Ricou33, je l'avais installé il y a ... plus d'un un an. Je l'ai viré, et je laisse faire en allant voir de temps en temps sur l'Aliance Francophone où ça en est.

 

L'essentiel est de participer (ouais, ouais ! Même aux J.O. à Londres).

[korentin]

D'abord un petit Up pour ce post qui avait sombré en 4e page

 

Salut,

Pour suivre l'avancement du calcul, j'utilise donc EMIII (voir qq posts plus haut) qui permet de suivre les consoles lancées comme service. J'ai activé l'auto-update des projets pour qu'il affiche le nom du core, du projet, le nb de points... MAis cela n'a plus l'air de fonctionner, j'obtiens maintenant un message "Could not connect to the server"

 

 

D'autre part, et je crois que certains en ont déjà discuté, désolé, comment sont attribués les points? Logiquement plus un calcul est long plus il devrait valoir de points. Ca n'a pas l'air d'être le cas. Qq'un a une idée?

Modifié le 18 juillet 2005 par korentin

[artic]

D'abord un petit Up pour ce post qui avait sombré en 4e page  

 

Salut,

Pour suivre l'avancement du calcul, j'utilise donc EMIII (voir qq posts plus haut) qui permet de suivre les consoles lancées comme service. J'ai activé l'auto-update des projets pour qu'il affiche le nom du core, du projet, le nb de points... MAis cela n'a plus l'air de fonctionner, j'obtiens maintenant un message "Could not connect to the server"

D'autre part, et je crois que certains en ont déjà discuté, désolé, comment sont attribués les points? Logiquement plus un calcul est long plus il devrait valoir de points. Ca n'a pas l'air d'être le cas. Qq'un a une idée?

537055[/snapback]

 

 

Réponse dans la FAQ de l'alliancefrancophone

 

http://alliancefrancophone.org/faq.php3?ac...q_id=81&config=

 

Tu peux trouver un truc plus complet sur le site de Stanford

[O.Fournier]

Oh, Artic ! Cela faisait longtemps qu'on t'avait pas vu ...

 

Fluctat nec mergitur.

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EDIT puisque ce topic ne remue plus les foules !

 

Crash soudain (et sans cause de mon côté : tout O.K. sur ma bécane) de ma WU en cours.

 

Mais Stanford semble maintenant mieux prévoir le coup (voir lignes en bleu) :

[08:11:48] (Starting from checkpoint)

[08:11:48] Protein: p884_p53dimer884

[08:11:48]

[08:11:48] Writing local files

[08:11:48] Completed 675000 out of 2500000 steps  (27)

[08:11:49] Extra SSE boost OK.

[08:38:07] Writing local files

[08:38:08] Completed 700000 out of 2500000 steps  (28)

[08:50:58] Quit 101 - Fatal error:

[08:50:58] Step 712163, time 1424.33 (ps)  LINCS WARNING

[08:50:58] relative constraint deviation after LINCS:

[08:50:58] max 0.001207 (between atoms 455 and 456) rms 0.000082

[08:50:58]

[08:50:58] Simulation instability has been encountered. The run has entered a

[08:50:58]  state from which no further progress can be made.

[08:50:58] This may be the correct result of the simulation, however if you

[08:50:58]  often see other project units terminating early like this

[08:50:58]  too, you may wish to check the stability of your computer (issues

[08:50:58]  such as high temperature, overclocking, etc.).

[08:50:58] Going to send back what have done.

[08:50:58] logfile size: 43908

[08:50:58] - Writing 44590 bytes of core data to disk...

[08:50:58]  ... Done.

[08:50:58]

[08:50:58] Folding@home Core Shutdown: EARLY_UNIT_END

[08:51:02] CoreStatus = 72 (114)

[08:51:02] Sending work to server

 

 

[08:51:02] + Attempting to send results

[08:51:14] + Results successfully sent

[08:51:14] Thank you for your contribution to Folding@home.

[08:51:18] - Preparing to get new work unit...

"..."

[08:52:28] + Processing work unit

[08:52:28] Core required: FahCore_78.exe

[08:52:28] Core found.

[08:52:28] Working on Unit 03 [July 19 08:52:28]

[08:52:28] + Working ...

[08:52:28]

[08:52:28] *------------------------------*

[08:52:28] Folding@Home Gromacs Core

[08:52:28] Version 1.81 (April 6, 2005)

[08:52:28]

[08:52:28] Preparing to commence simulation

[08:52:28] - Looking at optimizations...

[08:52:28] - Created dyn

[08:52:28] - Files status OK

[08:52:29] - Expanded 386407 -> 1864169 (decompressed 482.4 percent)

[08:52:29] - Starting from initial work packet

[08:52:29]

[08:52:29] Project: 890 (Run 188, Clone 65, Gen 1)

[08:52:29]

[08:52:29] Assembly optimizations on if available.

[08:52:29] Entering M.D.

[08:52:34] Protein: p890_p53dimer890

[08:52:34]

[08:52:35] Writing local files

[08:52:35] Extra SSE boost OK.

[08:52:35] Writing local files

[08:52:35] Completed 0 out of 5000000 steps  (0)

 

Mais la WU foireuse n'est pas comptée !

Modifié le 19 juillet 2005 par O.Fournier

[O.Fournier]

Flash : et m.... -> UP !!!

[NIKOSIX]

un petit UP pour dire à tous ceux qui ne foldent pas encore que la team Zebulon.fr a besoin de bras (enfin surtout de cpu)