Bonjour,
Le FAT 32 ne limite pas vraiment la taille du disque (je crois que ça va jusqu'à 2 TO) mais limite surtout la taille d'un fichier à 4 GO. Si la configuration actuelle te convient, le plus simple est d'ajoûter le deuxième disque en esclave et de le partitionner en FAT 32 pour y stocker des données lisibles par les deux OS.
Une autre solution consiste à faire une image du 40 GO (Norton Ghost, Acronis True Image), de la rebasculer sur le 250 GO, de le mettre en Master et de booter dessus
La différence entre le FAT32 et le NTFS est principalement au niveau de la sécurité.
Après en avoir essayé plusieurs, pour les sauvegardes de partion sur DVD je préfère nettement Acronis True Image dispo en VF chez Micro Application.