La commande fonctionne forcément, quel que soit le répertoire concerné. La seule raison que je verrais, c'est la présence d'espaces dans l'expression du chemin vers les fichiers concernés. Dans ce cas, il FAUT mettre le chemin en question entre guillemets. L'exemple typique, c'est Documents and Settings : fallait vraiment être c.., chez Bilou, pour nommer ainsi un répertoire !
Exemple,
rename "F:\Mes dossiers\Mon sous repertoire\*.mp3" ????????.mp3