Ca t'en sait rien!!!! Il peut etre dans des fichiers sur ton 2eme DD, et se repliquer là ou il veut!
Dans ce cas, si tu tiens vraiment à formatter (solution bourrine qui n'apporte rien du cote "technique"), une fois fait, tu vas la :
http://www.ultimatebootcd.com
tu graves limage, tu bootes dessus, et tu lances Fprot (lemeilleur antivirus sous DOS), d'ailleurs, tu peux le faire dès à present, l'avantage : aucun processus Windows ne te generont pur faire l'analyse car tout se passe sous DOS.