Tiens, j'ai fait une petite recherche rapide pour trouver des softs qui permettent de changer le shell de Windows (et donc d'éviter de charger l'environnement de "bureau", ce qu'on pourrait appeler "shell managers") et qui permettent surtout de surveiller que l'application qui se lance à la place du shell ne se ferme pas, auquel cas ils se chargent de la relancer eux-mêmes :
LiteSpawn
autres... (Carapace, ShellON, etc.)
A priori, si tu disposes déjà d'un loader pour ton application, il suffirait de lui coller l'un de ces "shell managers" devant et tout fonctionnerait comme tu le souhaites.... (sauf que pour l'accès administrateur, il faut rebooter... à voir en fonction de ce que proposent les shell managers)