Prendre un disque de boot Linux, indiquer "root=/dev/hda12" lors du boot (afin d'utiliser le lilo du disque de boot et de lui indiquer que tu veux qu'il boote sur /dev/hda12 - si toutefois c'est sur /dev/hda12 que se trouve ta Debian modifiée), booter sur ta Debian, relancer "lilo" (en jetant un oeil à /etc/lilo.conf avant, au cas où) et voilà !
Au fait...
Ca se manifeste comment, exactement ?